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Contrôle unifié des agents pathogènes – Perspective d’une seule santé ciblant spécifiquement le vibrion (UPCOAST-V)

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Résultat

Statut

Active

Concurrence

Programme de partenariats pour les priorités régionales (P3R)

Centre(s) de génomique

GE3LS

No

Chef(s) de projet

Lancement du projet d'exercice financier

2019-2020

Description du projet

Vibrio parahaemolyticus (Vp) est une bactérie que l’on trouve naturellement dans les eaux côtières de la Colombie-Britannique. Cette bactérie provoque l’infection des plaies par l’exposition à l’eau utilisée à des fins récréatives et des gastro-entérites par la consommation de fruits de mer crus ou insuffisamment cuits. Sa présence en Colombie-Britannique augmente depuis 2006 et une grande éclosion s’est produite en 2015. L’augmentation peut être liée au réchauffement climatique, à la modification des procédures de manipulation après la récolte ou à des facteurs qui influent sur la virulence des souches de Vp en circulation. Les méthodes épidémiologiques habituelles ont limité les possibilités d’identifier les sources de Vp. C’est pourquoi des mesures de lutte contre l’épidémie ont été appliquées à l’ensemble de l’industrie ostréicole de la Colombie-Britannique, entraînant des conséquences financières négatives. Des paramètres fondés sur la génomique sont nécessaires pour délimiter la source des éclosions de Vp et pour comprendre les facteurs de risque occasionnant la maladie clinique. Nous proposons le recours à un contrôle unifié des agents pathogènes misant sur une perspective d’une seule santé qui cible spécifiquement le vibrion (programme UPCOAST-V) auquel participeront le laboratoire de santé publique du CCMCB et l’ACIA pour séquencer les génomes de 650 isolats cliniques et environnementaux de Vp. Ces génomes formeront un tableau détaillé de Vp en C.-B. depuis 1998, aidant à identifier les déterminants de la résistance aux antibiotiques, les marqueurs de virulence et la relation entre les organismes dans l’environnement et l’infection chez l’humain. Nous utiliserons la métagénomique pour évaluer la composition du microbiome bactérien de l’huître et les interactions potentielles influençant les populations de Vp en association avec la température à partir de la récolte par le biais d’une chaîne d’approvisionnement simulée. Des filières de partage et d’analyse des données seront établies entre le laboratoire de santé publique du CCMCB et l’ACIA pour faciliter la surveillance continue : au cours de la deuxième année, les données cliniques des isolats de Vp provenant des hôpitaux et des services Lifelabs seront liées aux résultats du séquençage du génome entier. Cela répondra directement aux besoins et aux mandats du CCMCB et de l’ACIA en matière de santé humaine et de production d’aliments sains. Globalement, UPCOAST-V permettra de connaître l’état actuel de Vp en C.-B. et de prévenir les perturbations économiques et les maladies.

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