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Élaboration et mise en œuvre d’outils bio-informatiques pour les plateformes de surveillance phylogénétique du VIH et du VHC

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Résultat

Statut

Active

Concurrence

Concours 2017 en bio-informatique et en génématique

Centre(s) de génomique

GE3LS

No

Chef(s) de projet

Lancement du projet d'exercice financier

2000-2001

Description du projet

L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a fixé des cibles pour l’éradication du VIH/sida en tant que pandémie d’ici 2020 et du virus de l’hépatite C (VHC) d’ici 2030. Dans le monde industrialisé, où les épidémies sont bien gérées, il devient de plus en plus difficile d’identifier les poches restantes de transmission continue du VIH et du VHC, ce qui rend difficiles l’atteinte et le dépassement de ces cibles. Pour faciliter leur atteinte, nous avons besoin de nouveaux outils bio-informatiques qui peuvent identifier les communautés à haut risque d’infection continue par le VIH et le VHC et être utilisés pour appuyer la mise en œuvre des interventions de santé publique et des services de santé.

La surveillance phylogénétique – soit la mobilisation de grandes bases de données de séquences à croissance rapide – peut être une solution pour identifier les grappes de VIH ou de VHC diagnostiquées en temps quasi réel. L’élaboration et la mise en œuvre d’un tel système exigent également de nouveaux outils bio-informatiques qui faciliteront le partage des résultats des analyses avec les représentants de la santé publique, tout en maintenant la confidentialité et la protection des renseignements personnels des patients. Il faudrait aussi que ces outils puissent profiter des données de séquençage de la prochaine génération.

Jeffrey B. Joy, Ph. D., et Julio S.G. Montaner, Ph. D., de l’Université de la Colombie-Britannique élaborent et mettent en œuvre un système semblable. Il servira de plateforme nationale de surveillance phylogénétique en temps quasi réel, capable d’intégrer les données de séquençage de la prochaine génération et sera associé à des outils bio-informatiques pour présenter et distribuer en toute sécurité les résultats aux agences de la santé publique. L’équipe met au point de nouvelles méthodes de surveillance des épidémies et des infections. Ces outils seront mis gratuitement à la disposition des chercheurs et permettront de cibler avec plus d’efficacité les interventions en santé publique, ce qui nous fera progresser plus rapidement vers l’atteinte des cibles fixées par l’OMS pour limiter et éliminer le VIH et le VHC.

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