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Extraire le signal du bruit : grande analyse de la biodiversité à partir de données de séquençage à haut débit

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Résultat

Statut

Active

Concurrence

Concours 2017 en bio-informatique et en génématique

Centre(s) de génomique

GE3LS

No

Chef(s) de projet

Lancement du projet d'exercice financier

2000-2001

Description du projet

La surveillance de la biodiversité est indispensable à la santé de l’environnement et à la gestion des ressources naturelles. Elle aide à évaluer les répercussions de la mise en valeur des ressources, mais également à identifier rapidement et à peu de frais les insectes ravageurs, les espèces envahissantes et les agents pathogènes. Elle est essentielle à la croissance économique du Canada dans les secteurs de la foresterie, de l’agriculture et des pêches, de même qu’à la prise de décisions en santé publique. Les méthodes génétiques de surveillance de la biodiversité, par exemple le séquençage à haut rendement, sont maintenant largement adoptées, mais la bio-informatique n’a pas suivi le rythme des données produites. De plus, les méthodes actuelles sont axées sur les bactéries et les organismes semblables et non sur les plantes multicellulaires et les animaux qu’il faut également surveiller.

Sarah Adamowicz, Ph. D., et Paul Hebert, Ph. D., de même que d’autres collègues de l’Université de Guelph, créent de nouveaux outils bio-informatiques qui faciliteront le traitement rapide et exact des données génétiques découlant du séquençage à haut débit. Ces outils permettront d’analyser en même temps des échantillons globaux constitués de nombreuses espèces différentes. Ils comprendront un outil qui éliminera le bruit pour détecter les erreurs; une méthode pour regrouper les séquences génétiques en unités semblables aux espèces afin de permettre l’analyse de la biodiversité; et une méthode d’attribution des données de séquençage à des catégories taxonomiques supérieures pour mettre au jour l’information biologique fonctionnelle. L’équipe combinera ces différents outils en un pipeline informatique de la biodiversité qui peut être intégré aux plateformes existantes sur le Web afin que divers utilisateurs puissent s’en servir.

Les nouveaux outils informatiques en biodiversité appuieront la recherche universitaire à grande échelle sur la biodiversité; des évaluations efficaces, exactes et économiques de l’environnement pour les secteurs de l’exploitation minière et des pâtes et papiers; l’amélioration de la capacité et de l’exactitude de la réglementation; et des données sur la biodiversité plus exactes et obtenues plus rapidement pour les décideurs gouvernementaux et privés.

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