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Outils génomiques pour la prédiction de la résistance aux antifongiques dans les échantillons cliniques
Résultat
Statut
Concurrence
Centre(s) de génomique
GE3LS
Chef(s) de projet
- Christian Landry (Université Laval), Philippe Dufresne (Le Laboratoire de santé de publique du Québec),
Lancement du projet d'exercice financier
Description du projet
Les infections fongiques et la résistance aux antifongiques sont en augmentation dans le monde, avec 14,9 millions de cas et 1,7 million de décès chaque année. Près de 2 % des Canadiens souffrent d’infections fongiques graves et des pics de fréquence ont été associés à la COVID-19, en particulier chez les patients les plus vulnérables. Ce projet permettra de développer des outils plus rapides et plus précis pour identifier les espèces fongiques et la sensibilité aux antifongiques à partir du séquençage de l’ADN directement à partir d’échantillons cliniques. Les produits livrables comprendront une base de données sur les mutations de résistance prévalidées, une procédure pour générer un séquençage multilocus à partir d’échantillons cliniques et un pipeline bio-informatique pour l’identification des espèces et la prédiction de la résistance aux antifongiques. Le projet mettra en application les outils de diagnostic au Laboratoire de santé publique du Québec, à l’Agence de la santé publique du Canada, à Santé publique Ontario et à Alberta Precision Laboratories – Public Health Laboratory. Ces quatre organisations ont une vaste expérience dans le développement de tests de diagnostic et jouent un rôle clé dans les organisations et comités de réglementation qui établissent les normes dans ce domaine. La mise en œuvre de tests plus rapides, mieux ciblés et plus sensibles permettra de réduire le nombre de décès et la morbidité des Canadiens atteints d’infections fongiques invasives.