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Pipeline de quantification amélioré et orienté par la protéogénomique (PIGQpipe) : protéomique ciblée et normes internes des peptides protéogénotypiques pour quantifier les variantes révélées dans des expériences protéogénomiques

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Résultat

Statut

Active

Concurrence

Concours 2017 en bio-informatique et en génématique

Centre(s) de génomique

GE3LS

No

Chef(s) de projet

Lancement du projet d'exercice financier

2000-2001

Description du projet

La mesure des protéines dans des fluides biologiques comme l’urine ou le sang est indispensable au diagnostic, au traitement et à la surveillance des maladies chez les humains. Actuellement, pour cette mesure, les chercheurs et les cliniciens partout dans le monde utilisent les réseaux de spectrographie de masse pour surveiller les réactions multiples et parallèles. Les approches de cette surveillance permettent de quantifier avec précision et exactitude les protéines dans les échantillons, mais elles demeurent dépendantes des bases de données de référence sur les séquences de protéines humaines qui peuvent ne pas contenir des variantes génomiques spécifiques à certaines maladies. Pour utiliser davantage ces méthodes, il faut donc accélérer le développement et la validation des biotests, tout comme la cadence des analyses des échantillons. De plus, l’analyse des données doit être normalisée et automatisée pour permettre une mise en œuvre solide de grande envergure.

Il n’existe actuellement aucun cadre logiciel perfectionné et intuitif pour aider les chercheurs à concevoir des essais à haut rendement en spectrométrie de masse, à traiter les données et à interpréter les résultats, ce qui rend difficile, laborieuse et chronophage l’utilisation de la spectrométrie de masse.

Christoph Borchers, Ph. D., et Yassene Mohammed, Ph. D., de l’Université de Victoria développent un nouveau pipeline de logiciels, PIGQpipe, qui intégrera les données issues des propres expériences des chercheurs aux données des bases des données publiques en ligne afin de créer un « guichet unique » pour tous les aspects de la conception des essais en spectrométrie de masse, d’analyse et d’interprétation des données. À l’aide d’une seule interface Web, PIGQpipe reliera, intégrera et automatisera le flux des essais (y compris le choix des cibles et les conditions optimales d’expérimentation), à l’aide de données pour calculer les valeurs de concentration des protéines, évaluer sur le plan statistique les différences entre les groupes de traitement ou les états pathologiques et présenter les données.

En améliorant la productivité, l’ampleur, la qualité et la portée de la recherche dans ce domaine, PIGQpipe devrait permettre de nouvelles découvertes, dont des outils pour la médecine de précision; faciliter et accélérer l’adoption des technologies de spectrométrie de masse en milieu clinique et bâtir l’expertise dans la communauté scientifique.

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