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Reconstruction, à l’échelle mondiale, des voies métaboliques à partir des génomes de l’environnement

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Résultat

Statut

Active

Concurrence

Concours 2017 en bio-informatique et en génématique

Centre(s) de génomique

GE3LS

No

Chef(s) de projet

Lancement du projet d'exercice financier

2000-2001

Description du projet

On peut penser qu’il ne s’agit que de nous, les humains, mais depuis plus de 3,5 milliards d’années, des microorganismes sont la forme de vie dominante sur Terre. Au cours de la dernière décennie, le séquençage à haut débit et la spectrométrie de masse ont produit des données sur l’ADN, l’ARN, les protéines et les métabolites de ces microbes. Toutes ces données nous renseignent sur les fonctions et l’identité des microbes et les relient à un large éventail de fonctions écosystémiques à l’échelle des individus, des populations et des communautés. Il existe cependant peu d’outils logiciels évolutifs pour extraire et surveiller ces ensembles de données environnementales et s’en servir. Cette lacune est particulièrement contrariante à une époque où nous, en tant que société, devons résoudre les problèmes des changements climatiques mondiaux, alors que les communautés microbiennes offrent un plan virtuel détaillé pour reconstruire notre avenir mondial de manière plus durable.

Steven Hallam, Ph. D., de l’Université de la Colombie-Britannique dirige la création de l’encyclopédie des génomes de l’environnement (EngCyc), un recueil de plans métaboliques détaillés de communautés microbiennes à l’aide d’outils logiciels à haut rendement. Un portail Web donnera accès à l’EngCyc aux fins de consultation et l’utilisateur pourra, il y aura un portail Web et l’utilisateur pourra construire des plans détaillés qu’il aura définis de manière automatisée et évolutive, ce qui permettra de découvrir des gènes et des voies. Ces options d’exploration des données favoriseront l’acquisition et l’application de connaissances.

La combinaison du portail Web et des outils logiciels permettra aux chercheurs, à l’échelle nationale et internationale, d’explorer avec plus d’efficacité les données et de mobiliser les pouvoirs cachés des communautés microbiennes au profit des secteurs du bioraffinage, de l’exploration minière et de l’énergie, pour ne nommer que ceux-là.

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