{"id":19029,"date":"2022-04-26T17:27:09","date_gmt":"2022-04-26T21:27:09","guid":{"rendered":"https:\/\/genomecanada.ca\/?p=19029"},"modified":"2022-04-29T17:32:10","modified_gmt":"2022-04-29T17:32:10","slug":"pleins-feux-sur-les-progres-de-lechange-des-donnees-du-rcangeco","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/genomecanada.ca\/fr\/pleins-feux-sur-les-progres-de-lechange-des-donnees-du-rcangeco\/","title":{"rendered":"Pleins feux sur les progr\u00e8s de l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es du RCanG\u00e9CO"},"content":{"rendered":"

La g\u00e9nomique est une science de donn\u00e9es qui g\u00e9n\u00e8re d\u2019immenses volumes de donn\u00e9es complexes et \u00e0 croissance rapide, dont la valeur cro\u00eet \u00e0 mesure qu\u2019\u00e9voluent notre puissance de calcul et nos outils d\u2019analyse.<\/p>\n

Les donn\u00e9es g\u00e9nomiques ont jou\u00e9 un r\u00f4le central dans la r\u00e9ponse du Canada<\/strong>\u00a0\u2014 et celle du monde \u2014 \u00e0 la pand\u00e9mie de COVID-19, qu\u2019il s\u2019agisse de surveiller la propagation du SRAS-CoV-2 et les nouveaux variants pr\u00e9occupants pour \u00e9valuer l\u2019efficacit\u00e9 des vaccins et des traitements de la COVID-19 ou d\u2019alimenter la recherche sur les facteurs g\u00e9n\u00e9tiques qui influencent la gravit\u00e9 de la COVID-19. \u00c9tant donn\u00e9 l\u2019importance de l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es pour la prise de d\u00e9cisions en sant\u00e9 publique, la pr\u00e9vention et le traitement de la COVID-19, le RCanG\u00e9CO en a fait une priorit\u00e9 fondamentale.<\/p>\n

Nous avons demand\u00e9 \u00e0 certains des membres du Comit\u00e9 sur l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es du RCanG\u00e9CO\u00a0<\/strong>de nous donner leur avis sur les progr\u00e8s r\u00e9alis\u00e9s depuis le lancement du r\u00e9seau en avril\u00a02020<\/strong>. Le Comit\u00e9 sur l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es a \u00e9t\u00e9 cr\u00e9\u00e9 en janvier 2021 pour r\u00e9soudre le probl\u00e8me du nombre limit\u00e9 de s\u00e9quences g\u00e9nomiques canadiennes accessibles au public.<\/p>\n

\"Comit\u00e9<\/p>\n

G – D :\u00a0Ma\u2019n H. Zawati, Yann Joly,\u00a0Art Poon,\u00a0Natalie Knox, Gijs van Rooijen,\u00a0Will Hsiao<\/em><\/h5>\n

Comment le contexte de l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es du projet VirusSeq a-t-il \u00e9volu\u00e9 au cours des deux derni\u00e8res ann\u00e9es et quelle sera la suite?\u00a0\u00a0<\/strong><\/h2>\n

\u00ab La rapidit\u00e9 et l\u2019exhaustivit\u00e9 du d\u00e9p\u00f4t des donn\u00e9es de s\u00e9quences virales se sont consid\u00e9rablement am\u00e9lior\u00e9es. Il reste encore \u00e0 fournir un acc\u00e8s centralis\u00e9 et efficace \u00e0 plus de m\u00e9tadonn\u00e9es sensibles des h\u00f4tes et \u00e0 mettre en \u0153uvre un processus s\u00fbr et \u00e9thique au R\u00e9seau des laboratoires de sant\u00e9 publique du Canada (RLSPC) et dans d\u2019autres \u00e9tablissements canadiens qui autoriseront le couplage des donn\u00e9es.\u00a0\u00bb<\/h3>\n

\u2013\u00a0Yann Joly<\/strong>, Ph. D., directeur de la recherche du Centre de g\u00e9nomique et politiques \u00e0 l\u2019Universit\u00e9 McGill et pr\u00e9sident du Comit\u00e9 sur l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es du RCanG\u00e9CO et du Groupe de travail sur l\u2019\u00e9thique et la gouvernance du projet VirusSeq.<\/p>\n

APPROFONDISSEZ le sujet dans le blogue suivant du RCanG\u00e9CO \u2013\u00a0L\u2019\u00e9change de donn\u00e9es dans la lutte contre la COVID-19\u00a0: Questions et r\u00e9ponses en compagnie de Yann Joly, Ph.\u00a0D.<\/a><\/em><\/p>\n

Comment le rendement du Canada en mati\u00e8re d\u2019\u00e9change des donn\u00e9es a-t-il chang\u00e9 au cours des derni\u00e8res ann\u00e9es et y a-t-il quelque chose \u00e0 apprendre des autres pays?\u00a0\u00a0<\/strong><\/h2>\n

\u00ab Il y a un an, le Canada \u00e9tait l\u2019un des principaux contributeurs de g\u00e9nomes du SRAS-CoV-2 dans le monde en termes de volume, mais pour un tiers de ces g\u00e9nomes, les dates d\u2019\u00e9chantillonnage \u00e9taient incompl\u00e8tes, ce qui a retard\u00e9 leur publication d\u2019environ cinq mois en moyenne. Aujourd\u2019hui, le Canada reste en t\u00eate du classement mondial pour ce qui est du nombre de g\u00e9nomes publi\u00e9s (plus d\u2019un quart de million) et nous rattrapons le retard pour ce qui est des autres param\u00e8tres de l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es. Les dates incompl\u00e8tes ne touchent maintenant qu\u2019un g\u00e9nome sur sept, et le retard moyen est pass\u00e9 \u00e0 deux mois, ce qui place le Canada en milieu de peloton. Au cours de la derni\u00e8re ann\u00e9e, nous sommes pass\u00e9s du 87e<\/sup>\u00a0percentile de tous les pays au 46e<\/sup>. \u00bb<\/h3>\n

\u2013\u00a0Art Poon<\/strong>, Ph.\u00a0D., professeur agr\u00e9g\u00e9 de l\u2019\u00e9volution des virus et de bio-informatique \u00e0 la Western University, Canada, et membre du Comit\u00e9 sur l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es du RCanG\u00e9CO.<\/p>\n

Comment l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es entre les provinces a-t-il \u00e9volu\u00e9 au cours des deux derni\u00e8res ann\u00e9es et quel impact cette \u00e9volution aura-t-elle \u00e0 l\u2019avenir? Quelles pourraient \u00eatre les r\u00e9percussions possibles au-del\u00e0 de la pand\u00e9mie de COVID-19?\u00a0\u00a0<\/strong><\/h2>\n

\u00ab Le Canada reconna\u00eet le r\u00f4le unique des provinces dans la gestion et la prestation de solutions de soins de sant\u00e9 \u00e0 leurs citoyens. Malheureusement, les pand\u00e9mies ne reconnaissent pas les fronti\u00e8res, d\u2019o\u00f9 la n\u00e9cessit\u00e9 d\u2019\u00e9changer rapidement l\u2019information sanitaire, par exemple les s\u00e9quences du SRAS-CoV-2 et de ses variants, entre les provinces et les territoires, tout en respectant la confidentialit\u00e9 des renseignements qui pourraient stigmatiser des groupes ou des personnes. Les politiques sur l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es du RCanG\u00e9CO ont permis de cr\u00e9er un \u00e9quilibre appropri\u00e9 entre ces deux \u00e9l\u00e9ments divergents qui servira de mod\u00e8le pour tout \u00e9change de donn\u00e9es sur la sant\u00e9 en cas d\u2019autres pand\u00e9mies. \u00bb<\/h3>\n

\u2013\u00a0Gijs van Rooijen<\/strong>, Ph.\u00a0D., dirigeant scientifique en chef, Genome Alberta, et membre du Comit\u00e9 sur l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es du RCanG\u00e9CO<\/p>\n

Nous avons observ\u00e9 des am\u00e9liorations importantes de la qualit\u00e9 des donn\u00e9es produites et \u00e9chang\u00e9es par le RCanG\u00e9CO au cours des deux derni\u00e8res ann\u00e9es. Comment la qualit\u00e9 des donn\u00e9es s\u2019est-elle am\u00e9lior\u00e9e et comment ces am\u00e9liorations ont-elles influenc\u00e9 l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es?<\/strong><\/h2>\n

\u00ab Nous avons beaucoup progress\u00e9 dans la production de donn\u00e9es de haute qualit\u00e9 aux fins de publication, en particulier les m\u00e9tadonn\u00e9es. Au d\u00e9but du RCanG\u00e9CO, le d\u00e9sir d\u2019assurer l\u2019exactitude des donn\u00e9es en a retard\u00e9 la diffusion. La curation des donn\u00e9es a toutefois beaucoup progress\u00e9 pour ce qui est de la rationalisation du flux des donn\u00e9es dans un syst\u00e8me de sant\u00e9 f\u00e9d\u00e9r\u00e9 complexe, tout en am\u00e9liorant la qualit\u00e9 des donn\u00e9es. Au lieu de nuire \u00e0 la diffusion rapide des donn\u00e9es, la qualit\u00e9 de ces derni\u00e8res est devenue un atout des ensembles canadiens de donn\u00e9es g\u00e9nomiques sur la COVID-19. \u00bb<\/h3>\n

\u2013\u00a0Will Hsiao<\/strong>, Ph.\u00a0D., professeur agr\u00e9g\u00e9, Sciences de la sant\u00e9, Simon Fraser University; membre, Comit\u00e9 sur l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es, RCanG\u00e9CO.<\/p>\n

Comment le Laboratoire national de microbiologie (LNM) a-t-il appuy\u00e9 les efforts d\u2019\u00e9change de donn\u00e9es au Canada et comment continuera-t-il \u00e0 faire avancer le programme d\u2019\u00e9change des donn\u00e9es lorsque le projet VirusSeq passera au LNM?<\/strong><\/h2>\n

\u00ab\u2009Le solide partenariat du LNM avec les partenaires du RCanG\u00e9CO et les laboratoires canadiens de sant\u00e9 publique a permis de cr\u00e9er des normes et des flux de travail solides pour l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es sur la COVID-19 au Canada. Ces efforts ouvrent la voie \u00e0 l\u2019\u00e9change d\u2019autres donn\u00e9es g\u00e9nomiques sur les maladies infectieuses avec rapidit\u00e9 et collaboration.\u2009\u00bb<\/h3>\n

\u2013\u00a0Natalie Knox<\/strong>, Ph.\u00a0D., LNM, responsable du Groupe de travail RLSPC-RCanG\u00e9CO sur l\u2019analyse des donn\u00e9es de la COVID-19<\/p>\n

Comme le Portail canadien des donn\u00e9es du projet VirusSeq a-t-il influenc\u00e9 l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es depuis son lancement? Comment le portail pourrait-il changer la donne pour les interventions futures en cas de pand\u00e9mie et d\u2019autres probl\u00e8mes de sant\u00e9?<\/strong><\/h2>\n

\u00ab Le Portail canadien de donn\u00e9es du projet VirusSeq a fourni un d\u00e9p\u00f4t plus ouvert que\u00a0GISAID<\/a>\u00a0aux chercheurs qui voulaient acc\u00e9der aux s\u00e9quences g\u00e9nomiques des virus et aux m\u00e9tadonn\u00e9es minimales qui les accompagnaient pour la recherche en sant\u00e9 publique. L\u2019\u00e9quipe d\u2019experts du portail a \u00e9galement aid\u00e9 le RLSPC pour ce qui est de son d\u00e9p\u00f4t de donn\u00e9es et pour r\u00e9soudre les principales difficult\u00e9s du processus. \u00bb<\/h3>\n

\u2013\u00a0Yann Joly<\/strong>, Ph.\u00a0D., directeur de la recherche du Centre de g\u00e9nomique et politiques \u00e0 l\u2019Universit\u00e9 McGill et pr\u00e9sident du Groupe de travail sur l\u2019\u00e9thique et la gouvernance du projet VirusSeq<\/p>\n

What advances have been made with the HostSeq Databank in terms of data sharing?\u00a0<\/strong><\/h2>\n

\u00ab CGEn, qui poss\u00e8de la banque de donn\u00e9es du projet HostSeq, a cr\u00e9\u00e9 un bureau d\u2019acc\u00e8s aux donn\u00e9es qui re\u00e7oit et examine les demandes d\u2019acc\u00e8s \u00e0 sa base de donn\u00e9es nationale qui contient des donn\u00e9es g\u00e9nomiques, de m\u00eame que des donn\u00e9es personnelles et des donn\u00e9es sur la sant\u00e9. CGEn a \u00e9galement constitu\u00e9 un comit\u00e9 pancanadien ind\u00e9pendant d\u2019acc\u00e8s aux donn\u00e9es qui rend avec efficacit\u00e9 les d\u00e9cisions d\u00e9finitives. Ce mod\u00e8le de guichet unique a simplifi\u00e9 le processus d\u2019acc\u00e8s et assur\u00e9 l\u2019approbation des demandes en temps opportun. \u00bb<\/h3>\n

\u2013\u00a0Ma\u2019n H.\u00a0Zawati<\/strong>, Ph. D., professeur adjoint, Facult\u00e9 de m\u00e9decine et des sciences de la sant\u00e9 de l\u2019Universit\u00e9 McGill; directeur ex\u00e9cutif du Centre de g\u00e9nomique et politiques du D\u00e9partement de g\u00e9n\u00e9tique humaine; responsable, Bureau de la conformit\u00e9 de l\u2019acc\u00e8s aux donn\u00e9es HostSeq<\/p>\n

APPROFONDISSEZ le sujet dans le blogue suivant du RCanG\u00e9CO \u2013\u00a0HostSeq\u00a0: Permettre l\u2019\u00e9change de donn\u00e9es pour lutter contre la COVID-19 et r\u00e9soudre des probl\u00e8mes de sant\u00e9 futurs<\/strong><\/a><\/em><\/p>\n

\n

Le R\u00e9seau canadien de g\u00e9nomique COVID-19 (RCanG\u00e9CO)<\/a>\u00a0a pour mission de relever le d\u00e9fi de la COVID-19 en produisant les donn\u00e9es accessibles et utilisables des g\u00e9nomes viraux et humains pour orienter les d\u00e9cisions strat\u00e9giques et les d\u00e9cisions en sant\u00e9 publique, et mettre au point des traitements et des vaccins. Ce consortium pancanadien est dirig\u00e9 par G\u00e9nome Canada, en partenariat avec les six centres de g\u00e9nomique r\u00e9gionaux, le Laboratoire national de microbiologie et les laboratoires provinciaux de sant\u00e9 publique, les centres de s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome (par le truchement de CGEn), les h\u00f4pitaux, les universit\u00e9s et l\u2019industrie dans l\u2019ensemble du pays.<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

La g\u00e9nomique est une science de donn\u00e9es qui g\u00e9n\u00e8re d\u2019immenses volumes de donn\u00e9es complexes et \u00e0 croissance rapide, dont la valeur cro\u00eet \u00e0 mesure qu\u2019\u00e9voluent notre puissance de calcul et nos outils d\u2019analyse. 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