{"id":19036,"date":"2022-03-04T17:36:03","date_gmt":"2022-03-04T17:36:03","guid":{"rendered":"https:\/\/genomecanada.ca\/?p=19036"},"modified":"2022-04-29T17:38:03","modified_gmt":"2022-04-29T17:38:03","slug":"modelisation-mathematique-dans-la-lutte-contre-la-covid-19","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/genomecanada.ca\/fr\/modelisation-mathematique-dans-la-lutte-contre-la-covid-19\/","title":{"rendered":"Mod\u00e9lisation math\u00e9matique dans la lutte contre la COVID-19"},"content":{"rendered":"

Entrevue avec\u00a0Caroline Colijn<\/strong>, Ph. D., Chaire de recherche du Canada\u00a0150 en mod\u00e9lisation math\u00e9matique de l\u2019\u00e9volution des agents pathog\u00e8nes et sant\u00e9 publique \u00e0 la Simon Fraser University et\u00a0Sarah Otto<\/strong>, Ph. D., professeure de zoologie \u00e0 la University of British Columbia.<\/em><\/h4>\n

\"Sarah<\/em><\/p>\n

\u00c0 la fin de d\u00e9cembre 2020, lorsque les premiers variants pr\u00e9occupants du SRAS-CoV-2 ont \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9s, le R\u00e9seau canadien de g\u00e9nomique COVID-19 (RCanG\u00e9CO) a constitu\u00e9 un groupe d\u2019experts en mod\u00e9lisation math\u00e9matique pour travailler avec des groupes de sant\u00e9 publique charg\u00e9s de s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9nomique. Ce groupe charg\u00e9 de mod\u00e9lisation collabore \u00e9galement avec le Comit\u00e9 d\u2019\u00e9change des donn\u00e9es du RCanG\u00e9CO pour orienter l\u2019utilisation des donn\u00e9es produites dans le cadre du\u00a0RCanG\u00e9CO<\/a>\u00a0pour la mod\u00e9lisation de diff\u00e9rents r\u00e9sultats de la pand\u00e9mie de COVID-19, offrant ainsi de l\u2019information vitale aux chercheurs et aux d\u00e9cideurs en sant\u00e9 publique.<\/p>\n

Caroline Colijn<\/a>, Ph.\u00a0D., et\u00a0Sarah Otto<\/a>, Ph.\u00a0D., mod\u00e9lisatrices math\u00e9matiques, expertes en \u00e9pid\u00e9miologie et en \u00e9volution des pathog\u00e8nes, sont deux membres essentielles de ce groupe. Dans le contexte de la COVID-19, elles mod\u00e9lisent l\u2019\u00e9volution des variants du SRAS-CoV-2, \u00e0 la fois les variants pr\u00e9occupants et les variants d\u2019int\u00e9r\u00eat. Mme<\/sup>\u00a0Colijn, Ph. D., est titulaire de la Chaire de recherche du Canada\u00a0150 en mod\u00e9lisation math\u00e9matique de l\u2019\u00e9volution des agents pathog\u00e8nes et sant\u00e9 publique \u00e0 la Simon Fraser University. Mme<\/sup>\u00a0Otto, Ph.\u00a0D., est professeure d\u2019universit\u00e9 Killam en biologie \u00e9volutive \u00e0 la University of British Columbia.<\/p>\n

Nous leur avons demand\u00e9 de nous parler du r\u00f4le de la mod\u00e9lisation math\u00e9matique et de la g\u00e9nomique dans la lutte contre la COVID-19.<\/strong><\/h2>\n
\n

\u00ab\u2009Les math\u00e9matiques nous aident \u00e0 comprendre les r\u00e9percussions de notre logique et de notre r\u00e9flexion et nous r\u00e9v\u00e8lent lorsque notre intuition fait fausse route.\u2009\u00bb \u2013<\/em>\u00a0Sarah Otto, Ph.\u00a0D.<\/em><\/p>\n

\u00ab\u2009Avec le dernier variant pr\u00e9occupant, Omicron, les mod\u00e8les peuvent aider \u00e0 d\u00e9terminer les r\u00e9percussions probables du variant sur la pand\u00e9mie au Canada et dans d\u2019autres pays.\u2009\u00bb \u2013 Caroline Colijn, Ph.\u00a0D.<\/em><\/p>\n

\n

Comment la mod\u00e9lisation math\u00e9matique nous aide-t-elle \u00e0 lutter contre la pand\u00e9mie?<\/strong><\/h2>\n

Mme<\/sup>\u00a0Colijn\u00a0:<\/strong>\u00a0La mod\u00e9lisation nous aide \u00e0 synth\u00e9tiser l\u2019information dont nous disposons. Cette information peut comprendre ce que nous savons de la dur\u00e9e d\u2019une infection, du nombre moyen de personnes qu\u2019une personne infectera probablement et des interventions actuellement possibles (p.\u00a0ex., les vaccins). La mod\u00e9lisation math\u00e9matique est une fa\u00e7on de rassembler toute cette information en une repr\u00e9sentation que nous pouvons corriger pour voir ce qui se produit et explorer les effets de nos hypoth\u00e8ses.<\/p>\n

Mme<\/sup>\u00a0Otto\u00a0:<\/strong>\u00a0Les mod\u00e8les math\u00e9matiques nous aident \u00e0 projeter ce qui pourrait survenir avec l\u2019\u00e9volution de la pand\u00e9mie. Les pand\u00e9mies sont des exemples classiques dans lesquels de tr\u00e8s nombreux facteurs entrent en jeu \u2014 des mutations et des changements dans le comportement, par exemple \u2014 et peuvent influencer leur progression. Les math\u00e9matiques nous aident \u00e0 comprendre les r\u00e9percussions de notre logique et elle r\u00e9v\u00e8le les cas o\u00f9 notre intuition est erron\u00e9e.<\/p>\n

Comment la mod\u00e9lisation math\u00e9matique est-elle utilis\u00e9e pour lutter contre la COVID-19?<\/strong><\/h2>\n

Mme<\/sup>\u00a0Colijn\u00a0:<\/strong>\u00a0L\u2019une des utilisations qui fait couler beaucoup d\u2019encre est la pr\u00e9vision des cas. Dans quelle direction allons-nous? Jusqu\u2019o\u00f9 le nombre de cas pourrait-il augmenter dans six semaines? La mod\u00e9lisation s\u2019apparente \u00e0 des phares dans la nuit qu\u2019\u00e0 une boule de cristal; elle nous aide \u00e0 voir la route devant nous. Nous ne pouvons pas pr\u00e9dire le comportement des gens, mais la mod\u00e9lisation sert \u00e0 comprendre ce qui arrive avec les cas, les hospitalisations, le nombre de cas aux soins intensifs et les d\u00e9c\u00e8s. Elle sert \u00e0 estimer l\u2019efficacit\u00e9 des vaccins. Elle sert \u00e9galement \u00e0 \u00e9valuer les effets des interventions, comme la distanciation et les masques, pour indiquer la direction dans laquelle nous nous engageons.<\/p>\n

Comment les donn\u00e9es g\u00e9nomiques sur le SRAS-CoV-2 sont-elles utilis\u00e9es pour suivre les variants pr\u00e9occupants et les variants d\u2019int\u00e9r\u00eat au Canada et ailleurs dans le monde?<\/strong><\/h2>\n

Mme<\/sup>\u00a0Otto\u00a0:<\/strong>\u00a0Nous suivons non seulement la propagation de la maladie d\u2019une personne \u00e0 une autre \u00e0 l\u2019aide des math\u00e9matiques, mais aussi l\u2019\u00e9volution des sous-types du virus, en particulier des variants pr\u00e9occupants qui augmentent le taux de transmission ou d\u2019autres propri\u00e9t\u00e9s importantes de la maladie. Il faut des donn\u00e9es g\u00e9nomiques pour nous dire s\u2019il y a une divergence dans une version du virus d\u2019une personne par opposition au virus d\u2019une autre personne. Ensuite, ces donn\u00e9es peuvent \u00eatre utilis\u00e9es dans des mod\u00e8les lorsque nous pouvons d\u00e9celer des diff\u00e9rences dans le taux de transmission.<\/p>\n

Mme\u00a0<\/sup>Colijn\u00a0<\/strong>:\u00a0Ces diff\u00e9rences pourraient \u00eatre des diff\u00e9rences dans le taux de transmission, ce que nous avons vu avec les variants Alpha et Delta. Ces diff\u00e9rences exercent une profonde influence sur la pand\u00e9mie. Si nous n\u2019avions pas eu ces augmentations de la transmissibilit\u00e9, nous serions dans une situation diff\u00e9rente. Avec le dernier variant pr\u00e9occupant, Omicron, les mod\u00e8les peuvent aider \u00e0 d\u00e9terminer les r\u00e9percussions probables du variant sur la pand\u00e9mie au Canada et dans d\u2019autres pays.<\/p>\n

Lorsqu\u2019il est question des donn\u00e9es g\u00e9nomiques du SRAS-CoV-2 et des\u00a0<\/strong>donn\u00e9es contextuelles<\/strong><\/a>\u00a0connexes, pourquoi est-il important d\u2019accro\u00eetre l\u2019acc\u00e8s aux donn\u00e9es et leur \u00e9change?<\/strong><\/h2>\n

Mme<\/sup>\u00a0Otto\u00a0:<\/strong>\u00a0C\u2019est extr\u00eamement important. Nous devons \u00e9changer des donn\u00e9es de plusieurs r\u00e9gions pour deux raisons. La premi\u00e8re, nous n\u2019avons pas le pouvoir de d\u00e9tecter les tendances si nous disposons d\u2019un petit ensemble de donn\u00e9es provenant d\u2019une seule r\u00e9gion. Nous sommes mieux en mesure de d\u00e9tecter les changements si nous avons des donn\u00e9es g\u00e9nomiques partag\u00e9es entre les provinces et les pays. Deuxi\u00e8mement, nous devons observer le m\u00eame type de mod\u00e8les \u00e0 plusieurs endroits pour r\u00e9pondre \u00e0 des questions comme les suivantes\u00a0: les caract\u00e9ristiques uniques d\u2019un variant du virus (comme Alpha ou Delta) font-elles augmenter les cas ou s\u2019agit-il simplement de l\u2019effet du hasard (p. ex., un \u00e9v\u00e9nement superpropagateur comme un concert)?<\/p>\n

Mme<\/sup>\u00a0Colijn\u00a0:<\/strong>\u00a0Si nous disposons d\u2019un plus grand nombre de donn\u00e9es de plusieurs endroits, nous pouvons avoir plus de donn\u00e9es plus rapidement et nous pouvons comprendre la situation plus vite. C\u2019est ce qui conf\u00e8re une puissance statistique. Cela ne veut pas n\u00e9cessairement dire rendre toutes les donn\u00e9es publiques. Il existe des structures de gouvernance des donn\u00e9es qu\u2019il faut utiliser et qui peuvent l\u2019\u00eatre pour prot\u00e9ger les renseignements personnels, tout en nous permettant de comprendre rapidement ce qu\u2019un nouveau variant peut faire.<\/p>\n

Quelle a \u00e9t\u00e9 la plus grande difficult\u00e9 dans l\u2019\u00e9laboration de mod\u00e8les informatifs sur la\u00a0COVID-19?<\/strong><\/h2>\n

Mme<\/sup>\u00a0Colijn\u00a0:<\/strong>\u00a0L\u2019une des plus grandes difficult\u00e9s n\u2019est pas de savoir combien d\u2019infections nous d\u00e9tectons. Les estimations varient consid\u00e9rablement et certaines estimations disent qu\u2019en raison des tests symptomatiques, nous trouvons plus de 100\u00a0% des infections symptomatiques parce que nous trouvons \u00e9galement certains asymptomatiques. D\u2019autres estimations disent que nous ne trouvons qu\u2019un cinqui\u00e8me \u00e0 un tiers des infections et cela fait une \u00e9norme diff\u00e9rence lorsque nous pensons au degr\u00e9 d\u2019immunit\u00e9 de la population. Pour le moment, cette incertitude influence notre compr\u00e9hension du variant Omicron, parce qu\u2019elle se r\u00e9percute sur notre fa\u00e7on d\u2019interpr\u00e9ter la croissance rapide d\u2019Omicron en Afrique du Sud.<\/p>\n

Mme<\/sup>\u00a0Otto\u00a0:<\/strong>\u00a0Au d\u00e9but, nous ne savions rien et il y avait beaucoup d\u2019incertitude. Nous ne savions pas comment le virus se transmettait. Nous ne savions pas combien de temps durait une infection. Nous ne savions pas combien de nouveaux cas d\u00e9coulaient g\u00e9n\u00e9ralement de chacun des cas. Nous ne savions m\u00eame pas si nous pouvions \u00eatre infect\u00e9s par une personne asymptomatique. D\u00e8s les tout d\u00e9buts, les mod\u00e8les ont servi \u00e0 estimer ces \u00e9l\u00e9ments inconnus et tenir compte de cette incertitude.<\/p>\n

Quelles sont les id\u00e9es fausses les plus r\u00e9pandues sur l\u2019utilisation possible de la mod\u00e9lisation pour orienter la prise de d\u00e9cisions pendant une pand\u00e9mie? Les gens pr\u00e9sument-ils que les mod\u00e8les pr\u00e9dictifs sont soit exacts, soit faux?<\/strong><\/h2>\n

Mme<\/sup>\u00a0Otto\u00a0:<\/strong>\u00a0Les mod\u00e8les ont \u00e9t\u00e9 notre meilleur guide de ce \u00e0 quoi nous devions nous attendre au cours des quelques prochaines semaines et prochains mois \u00e0 venir. Je suis tr\u00e8s heureuse lorsque nos mod\u00e8les ne fonctionnent pas parce qu\u2019ils ont sonn\u00e9 l\u2019alarme et men\u00e9 \u00e0 des changements dans le comportement qui ont permis d\u2019\u00e9viter une flamb\u00e9e.<\/p>\n

Mme<\/sup>\u00a0Colijn\u00a0:<\/strong>\u00a0Exactement. Vous ne diriez pas\u00a0: \u00ab\u2009les phares de mon auto avaient pr\u00e9dit que je tomberais d\u2019une falaise, mais je ne l\u2019ai pas fait, donc mes phares sont inutiles et je ne les utiliserai pas la prochaine fois\u2009\u00bb. Je pense qu\u2019une autre id\u00e9e fausse est que les mod\u00e8les math\u00e9matiques pourraient \u00eatre utilis\u00e9s pour r\u00e9pondre \u00e0 des questions \u00e9thiques et des questions de valeurs. Les mod\u00e8les peuvent aider \u00e0 d\u00e9finir les questions et \u00e0 comprendre l\u2019impact possible des d\u00e9cisions, mais ils ne peuvent pas r\u00e9pondre \u00e0 des questions \u00e9thiques ni \u00e0 des questions de politique dans leur contexte.<\/p>\n

Comment pensez-vous que la vaccination des enfants de 5 \u00e0 12\u00a0ans changera-t-elle les modes de propagation du SRAS\u2011CoV\u20112 au Canada?<\/strong><\/h2>\n

Mme<\/sup>\u00a0Colijn\u00a0:<\/strong>\u00a0Il s\u2019agit d\u2019une autre couche de protection pour eux en tant qu\u2019individus et la vaccination a des avantages indirects \u00e0 l\u2019\u00e9chelle des populations parce qu\u2019elle freine la transmission. Cette nouvelle couche de protection contribuera \u00e0 emp\u00eacher le virus d\u2019atteindre les autres personnes non vaccin\u00e9es.<\/p>\n

On a beaucoup parl\u00e9 du passage d\u2019une phase pand\u00e9mique \u00e0 une phase end\u00e9mique. Que cela veut-il dire pour le Canada et sa population?<\/strong><\/h2>\n

Mme<\/sup>\u00a0Otto\u00a0:<\/strong>\u00a0Je crois que le SRAS-CoV-2 est l\u00e0 pour de bon. Nous ne parviendrons pas \u00e0 l\u2019\u00e9liminer de la population humaine. Nous savons \u00e9galement qu\u2019il y a d\u2019autres r\u00e9servoirs animaux autres que les chauves-souris. Les cerfs \u00e9tudi\u00e9s aux \u00c9tats-Unis ont une incidence tr\u00e8s \u00e9lev\u00e9e du virus, il ne va donc pas dispara\u00eetre. Cependant, dans le contexte des personnes immunis\u00e9es, je pense que la situation est beaucoup plus s\u00fbre maintenant parce que nos syst\u00e8mes immunitaires sont stimul\u00e9s.<\/p>\n

Mme<\/sup>\u00a0Colijn\u00a0:<\/strong>\u00a0Nous n\u2019aurons pas une immunit\u00e9 collective id\u00e9alis\u00e9e qui m\u00e8ne \u00e0 l\u2019\u00e9radication. Je crois cependant que nous aurons un tr\u00e8s haut degr\u00e9 d\u2019immunit\u00e9 dans notre population qui nous donnera une sorte d\u2019immunit\u00e9 collective pratique qui nous permettra en grande partie de rouvrir sans menace pour nos syst\u00e8mes de sant\u00e9.<\/p>\n

Le s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9nomique a jou\u00e9 un r\u00f4le crucial dans la r\u00e9ponse mondiale \u00e0 la COVID-19, ce qui nous a permis de suivre l\u2019\u00e9volution du virus SRAS-CoV-2 \u00e0 une vitesse incroyable. Quel r\u00f4le pensez-vous que la surveillance g\u00e9nomique pourrait jouer dans les pand\u00e9mies futures?<\/strong><\/h2>\n

Mme<\/sup>\u00a0Colijn\u00a0:<\/strong>\u00a0Le s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9nomique est devenu beaucoup moins co\u00fbteux et beaucoup plus rapide. \u00c0 l\u2019avenir, nous pourrons avoir une surveillance rapide en temps r\u00e9el du virus, de m\u00eame que d\u2019autres agents pathog\u00e8nes respiratoires, int\u00e9gr\u00e9e aux activit\u00e9s de la sant\u00e9 publique de m\u00eame qu\u2019aux syst\u00e8mes de recherche pour que les r\u00e9sultats soient exploitables. C\u2019est l\u00e0 une vision et non une pr\u00e9diction. Mais j\u2019esp\u00e8re que c\u2019est ce qui se passera.<\/p>\n

Mme<\/sup>\u00a0Otto\u00a0:<\/strong>\u00a0Il est \u00e0 esp\u00e9rer que les progr\u00e8s que nous avons faits entra\u00eeneront une meilleure surveillance des virus et des r\u00e9servoirs fauniques et permettront un \u00e9change plus rapide des donn\u00e9es et des analyses. La g\u00e9nomique continuera de jouer un r\u00f4le cl\u00e9 dans le suivi de l\u2019\u00e9volution des virus comme le SRAS-CoV-2.<\/p>\n

\n

Le R\u00e9seau canadien de g\u00e9nomique COVID-19 (RCanG\u00e9CO)<\/a>\u00a0a pour mission de relever le d\u00e9fi de la COVID-19 en produisant les donn\u00e9es accessibles et utilisables des g\u00e9nomes viraux et humains pour orienter les d\u00e9cisions strat\u00e9giques et les d\u00e9cisions en sant\u00e9 publique, et mettre au point des traitements et des vaccins. Ce consortium pancanadien est dirig\u00e9 par G\u00e9nome Canada, en partenariat avec les six centres de g\u00e9nomique r\u00e9gionaux, le Laboratoire national de microbiologie et les laboratoires provinciaux de sant\u00e9 publique, les centres de s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome (par le truchement de CGEn), les h\u00f4pitaux, les universit\u00e9s et l\u2019industrie dans l\u2019ensemble du pays.<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Entrevue avec\u00a0Caroline Colijn, Ph. D., Chaire de recherche du Canada\u00a0150 en mod\u00e9lisation math\u00e9matique de l\u2019\u00e9volution des agents pathog\u00e8nes et sant\u00e9 publique \u00e0 la Simon Fraser University et\u00a0Sarah Otto, Ph. 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