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Le virus SARS-CoV-2 responsable de la COVID-19 est arriv\u00e9 au Qu\u00e9bec pendant la p\u00e9riode de la rel\u00e2che printani\u00e8re de 2020 et il peut avoir \u00e9t\u00e9 introduit dans la province par aussi peu que 247 personnes, selon les r\u00e9sultats initiaux d\u2019une \u00e9tude publi\u00e9e le 21 septembre dernier par l\u2019Institut national de sant\u00e9 publique du Qu\u00e9bec (INSPQ) et le Centre de g\u00e9nomique de McGill.<\/p>\n
Nous avons demand\u00e9 \u00e0 Mme<\/sup> Moreira, responsable de la g\u00e9nomique et de bio-informatique \u00e0 l\u2019INSPQ et membre du Comit\u00e9 de coordination du RCanG\u00e9CO, d\u2019expliquer l\u2019\u00e9tude et ce que cette derni\u00e8re nous dit de la pand\u00e9mie de COVID-19.<\/p>\n Nous avions pour objectif de comprendre la provenance des premiers virus introduits au Qu\u00e9bec et de v\u00e9rifier l\u2019hypoth\u00e8se selon laquelle la semaine de rel\u00e2che h\u00e2tive au Qu\u00e9bec (\u00e0 partir du 29 f\u00e9vrier) avait influenc\u00e9 l\u2019\u00e9pid\u00e9mie.<\/p>\n Nous avons choisi 734 \u00e9chantillons entre le 25 f\u00e9vrier (date de la premi\u00e8re apparition d\u2019un cas au Qu\u00e9bec) et le 1er<\/sup> avril (15 jours apr\u00e8s la fermeture des fronti\u00e8res canadiennes) et \u00e9tabli la s\u00e9quence g\u00e9n\u00e9tique du virus SARS-CoV-2 pour chacun. En v\u00e9rifiant les \u00e9chantillons appartenant \u00e0 cette p\u00e9riode pr\u00e9cise, qui tient \u00e9galement compte de la p\u00e9riode d\u2019incubation de 1 \u00e0 14 jours de la COVID, nous voulions mieux cerner les origines du virus introduit au Qu\u00e9bec.<\/p>\n Au fil du temps, les s\u00e9quences g\u00e9n\u00e9tiques du SARS-CoV-2, le virus responsable de la maladie \u00e0 COVID-19, accumulent lentement des mutations. Par cons\u00e9quent, si nous isolons et s\u00e9quen\u00e7ons un virus qui se trouve au Qu\u00e9bec, nous pouvons comparer le mod\u00e8le de ses mutations au mod\u00e8le des virus isol\u00e9s dans d\u2019autres pays, ce qui nous aide \u00e0 comprendre les origines du virus. C\u2019est ce que nous avons fait pour les s\u00e9quences g\u00e9n\u00e9tiques des virus SARS-CoV-2 dans nos 734 \u00e9chantillons : nous les avons compar\u00e9es \u00e0 des s\u00e9quences virales d\u2019ailleurs dans le monde par l\u2019entremise d\u2019une banque de donn\u00e9es internationale.<\/p>\n Notre principal r\u00e9sultat est le d\u00e9pistage de 247 introductions au Qu\u00e9bec de virus provenant de l\u2019ext\u00e9rieur de la province. Si l\u2019on compare ce nombre \u00e0 celui des introductions de virus ailleurs, au Massachusetts, par exemple, o\u00f9 seulement 80 introductions ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9pist\u00e9es, ce r\u00e9sultat est important. <\/p>\n Une autre constatation cl\u00e9 a trait \u00e0 l\u2019origine des virus. M\u00eame si nous avons d\u00e9pist\u00e9 certains cas o\u00f9 le virus est arriv\u00e9 au Qu\u00e9bec en provenance d\u2019autres provinces canadiennes, la plupart des introductions provenaient de l\u2019Europe, de l\u2019Am\u00e9rique latine, des Antilles et des \u00c9tats-Unis. Nous nous y attendions, car nous avons observ\u00e9 des mod\u00e8les semblables ailleurs et parce que ce sont des destinations populaires \u00e0 la rel\u00e2che printani\u00e8re. Nous ne nous attendions pas, cependant, au tr\u00e8s faible nombre de cas (moins de 1 %) provenant de la Chine.<\/p>\n Nous avons \u00e9galement \u00e9t\u00e9 \u00e9tonn\u00e9s de voir, en comparant les historiques des d\u00e9placements fournis par les patients, les r\u00e9sultats de nos analyses phylog\u00e9n\u00e9tiques, car nous avons constat\u00e9 que les gens rapportaient des virus aux origines inattendues. Cette constatation s\u2019applique tout particuli\u00e8rement aux Qu\u00e9b\u00e9cois qui sont revenus des Antilles et qui ont introduit des virus SARS-CoV-2 provenant de pays comme l\u2019Italie, l\u2019Allemagne et les Pays-Bas. Les Antilles ont \u00e9t\u00e9 un carrefour international d\u2019\u00e9change des virus au printemps.<\/p>\n L\u2019analyse des donn\u00e9es g\u00e9nomiques nous aide \u00e0 mieux comprendre comment l\u2019\u00e9pid\u00e9mie a commenc\u00e9 au Qu\u00e9bec. C\u2019\u00e9tait le seul moyen de confirmer, par des preuves scientifiques, l\u2019hypoth\u00e8se propos\u00e9e par les \u00e9pid\u00e9miologistes au d\u00e9but de la pand\u00e9mie et selon laquelle la rel\u00e2che printani\u00e8re avait fortement influenc\u00e9 la propagation de la COVID-19 au Qu\u00e9bec.<\/p>\n Nous avons aussi pu corriger de l\u2019information \u00e9pid\u00e9miologique, souvent bas\u00e9e sur des souvenirs personnels et des r\u00e9ponses aux enqu\u00eates, qui peut \u00eatre vague ou pas enti\u00e8rement exacte pour se faire une id\u00e9e de la propagation du virus. C\u2019est ce que nous avons constat\u00e9 avec l\u2019exemple des voyageurs qui sont revenus des Antilles apr\u00e8s la rel\u00e2che printani\u00e8re et qui \u00e9taient infect\u00e9s de virus provenant d\u2019autres pays. Sans s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9n\u00e9tique, cet aspect de l\u2019historique des d\u00e9placements du virus aurait \u00e9t\u00e9 mal compris.<\/p>\n L\u2019\u00e9pid\u00e9miologie g\u00e9nomique poss\u00e8de encore un grand potentiel largement inexploit\u00e9 en sant\u00e9 publique. J\u2019esp\u00e8re que les analys\u00e9es r\u00e9alis\u00e9es par les chercheurs du consortium du RCanG\u00e9CO d\u00e9montreront que cet outil puissant doit \u00eatre ajout\u00e9 \u00e0 la trousse \u00e9pid\u00e9miologique traditionnelle de la sant\u00e9 publique.<\/p>\n \u00c9videmment, le potentiel est grand en \u00e9pid\u00e9miologie, mais il y a \u00e9galement des applications moins connues qui pourraient avoir beaucoup d\u2019impact. Les cas o\u00f9 les patients ont une infection que les outils traditionnels ne permettent pas d\u2019identifier en sont un exemple. Dans des cas comme ceux-l\u00e0, j\u2019ai vu le s\u00e9quen\u00e7age m\u00e9tag\u00e9nomique, une analyse puissante et complexe de s\u00e9quen\u00e7age de tout un \u00e9chantillon, offrir une derni\u00e8re chance de diagnostic \u00e0 des patients. Ce type de s\u00e9quen\u00e7age n\u2019est pas encore largement accessible en raison de la complexit\u00e9 du processus et de la raret\u00e9 des laboratoires qui l\u2019effectuent.<\/p>\n Au laboratoire de sant\u00e9 publique du Qu\u00e9bec, nous d\u00e9veloppons ces m\u00e9thodes, tout comme le Laboratoire national de microbiologie de Winnipeg. Certains laboratoires aux \u00c9tats-Unis et en Europe le font aussi. Nous pouvons \u00eatre fiers au Canada d\u2019avoir ces outils en d\u00e9veloppement pour la population canadienne et je pense qu\u2019ils seront plus largement accessibles \u00e0 l\u2019avenir.<\/p>\n L\u2019aspect de renforcement des capacit\u00e9s de l\u2019initiative RCanG\u00e9CO nous aidera \u00e0 faire progresser ces travaux. En renfor\u00e7ant la capacit\u00e9 g\u00e9nomique dans les laboratoires de sant\u00e9 publique du pays, le RCanG\u00e9CO aidera \u00e0 rendre les outils comme l\u2019analyse m\u00e9tag\u00e9nomique plus largement accessibles au Canada.<\/p>\n Nous s\u00e9quencerons ensuite plus d\u2019\u00e9chantillons pour obtenir une estimation plus pr\u00e9cise du nombre d\u2019introductions du virus au Qu\u00e9bec. Nous examinerons \u00e9galement quelles introductions ont men\u00e9 au plus grand nombre de cas : ce qu\u2019on appelle les \u00ab\u2009super-propagateurs\u2009\u00bb. Nous examinerons \u00e9galement quelles caract\u00e9ristiques et tendances dans ces cas contribuent \u00e0 l\u2019\u00e9pid\u00e9mie, une question tr\u00e8s importante en sant\u00e9 publique.<\/p>\n En menant une analyse en collaboration avec des coll\u00e8gues d\u2019autres provinces et du Laboratoire national de microbiologie, nous esp\u00e9rons obtenir une vue d\u2019ensemble pour le Canada qui cartographie les introductions du virus dans les diff\u00e9rentes r\u00e9gions du pays et caract\u00e9rise plus pr\u00e9cis\u00e9ment la transmission du virus entre les provinces.<\/p>\n Le financement du RCanG\u00e9CO rend possibles des \u00e9tudes comme la n\u00f4tre sur le SARS-CoV-2. Le R\u00e9seau n\u2019a pas pour seul r\u00f4le de fournir des fonds. Il r\u00e9unit \u00e9galement des chercheurs universitaires, des laboratoires de g\u00e9nomique et des \u00e9pid\u00e9miologistes de partout au pays pour \u00e9changer des comp\u00e9tences et faciliter l\u2019\u00e9change de donn\u00e9es. C\u2019est l\u00e0 le type de recherche translationnelle que nous souhaitons voir davantage au Canada.<\/p>\n Lire l\u2019\u00e9tude Genomic epidemiology of early introductions of SARS-CoV-2 into the Canadian province of Qu\u00e9bec<\/a><\/p>\n Dans les actualit\u00e9s : First genetic sequencing of COVID in Quebec shows roots of outbreak<\/a> (Le Bulletel de<\/em> McGill, <\/em>21 septembre 2020)<\/p>\n
\n\u00ab\u2009L\u2019\u00e9pid\u00e9miologie g\u00e9nomique poss\u00e8de encore un grand potentiel largement inexploit\u00e9 en sant\u00e9 publique. J\u2019esp\u00e8re que les analys\u00e9es r\u00e9alis\u00e9es par les chercheurs du consortium du RCanG\u00e9CO d\u00e9montreront que cet outil puissant doit \u00eatre ajout\u00e9 \u00e0 la trousse \u00e9pid\u00e9miologique traditionnelle de la sant\u00e9 publique.\u2009\u00bb – <\/em>Sandrine Moreira, Ph. D.<\/em><\/h3>\n
\nQuestions et r\u00e9ponses<\/strong><\/h1>\n
Qu\u2019est-ce que votre \u00e9quipe de recherche tentait d\u2019apprendre sur la propagation de la COVID-19 au Qu\u00e9bec?<\/strong><\/h2>\n
Comment le s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9n\u00e9tique nous montre-t-il les origines d\u2019un \u00e9chantillon viral?<\/strong><\/h2>\n
Qu\u2019avez-vous appris de plus important par suite de ces r\u00e9sultats initiaux?<\/strong><\/h2>\n
Pourquoi ces donn\u00e9es sont-elles importantes?<\/strong><\/h2>\n
Quel autre potentiel la g\u00e9nomique offre-t-elle pour l\u2019\u00e9tude des grands probl\u00e8mes de sant\u00e9 publique? <\/strong><\/h2>\n
Quels autres sujets l\u2019\u00e9quipe de recherche de cette \u00e9tude qu\u00e9b\u00e9coise abordera-t-elle?<\/strong><\/h2>\n
Vous avez parl\u00e9 de l\u2019importance du mandat de renforcement des capacit\u00e9s du RCanG\u00e9CO pour aider les chercheurs \u00e0 faire progresser la sant\u00e9 publique au Canada. De quelles autres fa\u00e7ons le RCanG\u00e9CO renforce-t-il la recherche en sant\u00e9 au Canada? <\/strong><\/h2>\n
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