{"id":19140,"date":"2021-01-29T18:02:56","date_gmt":"2021-01-29T18:02:56","guid":{"rendered":"https:\/\/genomecanada.ca\/drupal\/blog\/mission-de-la-genomique-la-detection-des-nouveaux-variants-du-sras-cov-2\/"},"modified":"2022-05-02T13:46:34","modified_gmt":"2022-05-02T13:46:34","slug":"mission-de-la-genomique-la-detection-des-nouveaux-variants-du-sras-cov-2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/genomecanada.ca\/fr\/mission-de-la-genomique-la-detection-des-nouveaux-variants-du-sras-cov-2\/","title":{"rendered":"Mission de la g\u00e9nomique : la d\u00e9tection des nouveaux variants du SRAS-CoV-2"},"content":{"rendered":"

Entretien avec la Dre<\/sup> Catalina Lopez\u2011Correa et le Dr<\/sup> Gary Van Domselaar<\/strong><\/h2>\n

\"Dre<\/p>\n

Un nouveau variant du virus SRAS-CoV-2 qui se propage plus rapidement et plus facilement s\u2019implante au Canada, ce qui fait craindre aux chercheurs et aux repr\u00e9sentants de la sant\u00e9 publique qu\u2019il ne l\u2019emporte rapidement sur la souche qui circule actuellement.<\/p>\n

Le R\u00e9seau canadien de g\u00e9nomique COVID-19 (RCanG\u00e9CO<\/a>) soutient activement l\u2019Agence de la sant\u00e9 publique du Canada en identifiant et en s\u00e9quen\u00e7ant des \u00e9chantillons viraux hautement prioritaires. Ces travaux aideront \u00e0 mieux comprendre les r\u00e9percussions potentielles du variant du SRAS-CoV-2 (B.1.1.7) identifi\u00e9 la premi\u00e8re fois au Royaume-Uni en d\u00e9cembre dernier et d\u2019autres variants pr\u00e9occupants au Canada. <\/p>\n

Nous avons demand\u00e9 \u00e0 la Dre<\/sup> Catalina Lopez-Correa, directrice ex\u00e9cutive du RCanG\u00e9CO<\/strong> et au Dr<\/sup> Gary Van Domselaar, chef de la Bio-informatique au Laboratoire national de microbiologie de l\u2019Agence de la sant\u00e9 publique du Canada et membre du Comit\u00e9 de coordination et du Comit\u00e9 de mise en \u0153uvre du projet VirusSeq<\/a> du RCanG\u00e9CO<\/strong> de nous parler de l\u2019importance du s\u00e9quen\u00e7age et des progr\u00e8s faits par le Canada pour relever les d\u00e9fis que repr\u00e9sentent les variants de la COVID-19.<\/p>\n

\n

\u00ab\u2009Nous sortons la g\u00e9nomique des laboratoires et nous l\u2019appliquons \u00e0 la r\u00e9solution de probl\u00e8mes concrets et \u00e0 l\u2019orientation des d\u00e9cisions cruciales en mati\u00e8re de sant\u00e9 publique et de politiques. Nous passons \u00e0 l\u2019\u00e9tape sup\u00e9rieure o\u00f9 nous pouvons utiliser ces donn\u00e9es de s\u00e9quen\u00e7age dans le cadre non seulement d\u2019un projet de recherche, mais aussi d\u2019une initiative de sant\u00e9 publique.\u2009\u00bb \u2014 Dre<\/sup> Catalina Lopez-Correa<\/em><\/h3>\n

\u00ab\u2009Tr\u00e8s peu de pays ont un programme de surveillance g\u00e9nomique de grande envergure de la COVID-19. Nous sommes parmi les premiers au monde pour ce qui est de l\u2019ampleur de notre programme.\u2009\u00bb \u2014 Dr<\/sup> Gary Van Domselaar<\/em> <\/em><\/h3>\n
\n

Comment le RCanG\u00e9CO appuie-t-il la r\u00e9ponse de la sant\u00e9 publique du Canada \u00e0 ces nouveaux variants? <\/strong><\/h2>\n

Dr<\/sup> Van Domselaar<\/strong> : L\u2019un des soutiens les importants du RCanG\u00e9CO est sa capacit\u00e9, \u00e0 l\u2019\u00e9chelle nationale, d\u2019effectuer le s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 grande \u00e9chelle des g\u00e9nomes du SRAS-CoV-2. Gr\u00e2ce \u00e0 cela, le Canada a pu produire environ 30 000 g\u00e9nomes au cours de l\u2019\u00e9closion. Cet ensemble de donn\u00e9es a contribu\u00e9 \u00e0 d\u00e9terminer si ces variants circulaient et se retrouvaient d\u00e9j\u00e0 au Canada d\u00e8s qu\u2019ils ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9clar\u00e9s, mais aucun n\u2019avait \u00e9t\u00e9 observ\u00e9 dans notre base de donn\u00e9es. On a ainsi eu de l\u2019information pr\u00e9cieuse qui a servi \u00e0 orienter les d\u00e9cisions du Canada concernant les mesures aux fronti\u00e8res.<\/p>\n

Dre<\/sup> Lopez-Correa <\/strong>: Le RCanG\u00e9CO a, parmi ses objectifs principaux, celui de donner au Canada les moyens d\u2019effectuer une surveillance g\u00e9nomique de la COVID-19, y compris de d\u00e9tecter et de surveiller les variants pr\u00e9occupants existants et \u00e9mergents. Lorsque l\u2019existence de ces variants a \u00e9t\u00e9 connue, nous \u00e9tions pr\u00eats \u00e0 r\u00e9agir, ce qu\u2019a montr\u00e9 notre capacit\u00e9 de les d\u00e9tecter rapidement au Canada.<\/p>\n

Comment les membres du RCanG\u00e9CO se sont-ils mobilis\u00e9s en r\u00e9action \u00e0 ces nouveaux variants?<\/strong><\/h2>\n

Dr<\/sup> Van Domselaar <\/strong>: Dans les heures o\u00f9 ils ont \u00e9t\u00e9 port\u00e9s \u00e0 notre connaissance, le RCanG\u00e9CO avait analys\u00e9 les donn\u00e9es des s\u00e9quences vers\u00e9es dans la base de donn\u00e9es nationale qui ont servi \u00e0 informer l\u2019Agence de la sant\u00e9 publique du Canada. Nous avons ensuite mis sur pied une \u00e9quipe d\u2019intervention, compos\u00e9e de chercheurs en sant\u00e9 publique, d\u2019\u00e9pid\u00e9miologistes, de mod\u00e9lisateurs, de cliniciens et de virologues, pour d\u00e9terminer comment d\u00e9tecter ces nouveaux variants. L\u2019\u00e9quipe a \u00e9labor\u00e9 un ensemble de strat\u00e9gies et de priorit\u00e9s nationales permettant d\u2019identifier ces variants et publi\u00e9 une alerte de sant\u00e9 publique le 23 d\u00e9cembre 2020. Ces strat\u00e9gies ont \u00e9t\u00e9 tr\u00e8s efficaces, en deux jours nous avions identifi\u00e9 le premier variant B.1.1.7 pr\u00e9occupant au Canada.  <\/p>\n

Comment le s\u00e9quen\u00e7age des virus nous aide-t-il \u00e0 identifier et \u00e0 comprendre ces nouveaux variants?<\/strong><\/h2>\n

Dre<\/sup> Lopez-Correa <\/strong>: Le s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome viral se distingue des tests diagnostiques par le fait que le test ne fait que r\u00e9v\u00e9ler la pr\u00e9sence ou l\u2019absence du virus dans un sp\u00e9cimen clinique. Le test ne peut pas en soi faire la diff\u00e9rence entre les diff\u00e9rents variants qui circulent au Canada.<\/p>\n

Dr<\/sup> Van Domselaar <\/strong>: Le s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome ajoute une toute nouvelle dimension \u00e0 la d\u00e9tection parce qu\u2019en analysant le mod\u00e8le des mutations dans l\u2019ensemble de la s\u00e9quence du g\u00e9nome, nous pouvons confirmer de mani\u00e8re absolue si un sp\u00e9cimen contient un variant pr\u00e9occupant donn\u00e9. Le s\u00e9quen\u00e7age nous permet aussi d\u2019\u00e9tudier les mutations qui surviennent dans ces variants de sorte que nous pouvons v\u00e9rifier si elles sont associ\u00e9es \u00e0 une augmentation de la transmissibilit\u00e9, de la gravit\u00e9 de la maladie, de l\u2019\u00e9vasion immunitaire (expression utilis\u00e9e pour d\u00e9crire les variants du SRAS-CoV-2 qui pourraient \u00e9chapper \u00e0 l\u2019immunit\u00e9 assur\u00e9e par les vaccins), de m\u00eame que de l\u2019efficacit\u00e9 des tests et des vaccins.<\/p>\n

Pourquoi un consortium national comme le RCanG\u00e9CO est-il important pour cette r\u00e9action?<\/strong><\/h2>\n

Dre<\/sup> Lopez-Correa<\/strong> : La r\u00e9action n\u2019aurait pas \u00e9t\u00e9 possible sans le RCanG\u00e9CO et nos partenaires. Ensemble, nous tirons parti de l\u2019expertise et des capacit\u00e9s du syst\u00e8me de sant\u00e9 publique canadien et de celles des meilleurs chercheurs canadiens en g\u00e9nomique de la sant\u00e9 publique afin de structurer et de mettre en \u0153uvre le s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9nomique \u00e0 grande \u00e9chelle pour assurer la surveillance g\u00e9nomique du coronavirus. Nous mettons \u00e9galement \u00e0 profit plus de 20 ans d\u2019investissements de G\u00e9nome Canada dans la g\u00e9nomique au pays.<\/p>\n

Le R\u00e9seau est fond\u00e9 sur les partenariats et l\u2019interaction de diff\u00e9rents groupes. Je pr\u00e9cise qu\u2019un groupe cl\u00e9 est celui des laboratoires provinciaux qui produisent les donn\u00e9es de s\u00e9quen\u00e7age et travaillent sans rel\u00e2che. Nous travaillons \u00e9galement en \u00e9troite collaboration avec les centres de g\u00e9nomique qui aident \u00e0 mettre en place les \u00e9cosyst\u00e8mes de recherche sur la COVID-19 dans les provinces et qui communiquent avec le public. Nous interagissons \u00e9galement avec la communaut\u00e9 canadienne de mod\u00e9lisation math\u00e9matique, avec des chercheurs qui mettent au point des m\u00e9thodes innovantes pour nous aider \u00e0 d\u00e9tecter plus rapidement les nouveaux variants pr\u00e9occupants. Fondamentalement, nous unissons nos forces \u00e0 celles de tous ces diff\u00e9rents r\u00e9seaux.<\/p>\n

Que savons-nous des nouveaux variants B.1.1.7 et B.1.351 du SRAS-CoV-2? <\/strong><\/h2>\n

Dre<\/sup> Lopez-Correa<\/strong> : Nous avons r\u00e9cemment identifi\u00e9 le variant B.1.1.7 (observ\u00e9 la premi\u00e8re fois au Royaume-Uni) et le variant B.1.351 (observ\u00e9 la premi\u00e8re fois en Afrique du Sud) chez des personnes qui n\u2019avaient pas voyag\u00e9. Il semble donc que ces variants se sont propag\u00e9s dans la communaut\u00e9, ce \u00e0 quoi nous nous attendions. Notre r\u00e9action rapide semble avoir \u00e9t\u00e9 efficace pour ce qui est de d\u00e9celer la pr\u00e9sence de ces variants d\u00e8s les premiers stades de la transmission, ce qui nous place en bien meilleure position pour mettre en \u0153uvre des interventions de sant\u00e9 publique pour limiter la propagation et nous donner du temps pour nous pr\u00e9parer au sc\u00e9nario selon lequel ils vont s\u2019implanter et devenir pr\u00e9valents.<\/p>\n

Dr<\/sup> Van Domselaar<\/strong> : Nous savons que ces variants n\u2019avaient pas \u00e9t\u00e9 observ\u00e9s au Canada dans les 25 000 s\u00e9quences recueillies avant d\u00e9cembre 2020. Notre d\u00e9tection rapide de ces variants nous a permis de savoir qu\u2019un grand nombre d\u2019entre eux viennent de personnes qui sont r\u00e9cemment revenues de voyages internationaux, d\u2019intervenir rapidement et de les emp\u00eacher de se propager dans la population. Nous recueillons maintenant plus de donn\u00e9es sur ces nouveaux variants pour \u00e9tudier les associations possibles avec la gravit\u00e9 des maladies, la r\u00e9ponse aux traitements et l\u2019efficacit\u00e9 des vaccins.<\/p>\n

Quelle est la strat\u00e9gie actuelle du RCanG\u00e9CO en ce qui concerne le s\u00e9quen\u00e7age des virus? <\/strong><\/h2>\n

Dr<\/sup> Van Domselaar<\/strong> : Il y a beaucoup plus de virus qui circulent au Canada que notre capacit\u00e9 \u00e0 les s\u00e9quencer. Actuellement, nous s\u00e9quen\u00e7ons plus de 1 000 g\u00e9nomes par semaine, mais nous nous effor\u00e7ons d\u2019accro\u00eetre la capacit\u00e9 au Canada pour r\u00e9ussir \u00e0 s\u00e9quencer plus de virus et \u00e0 mieux suivre et contr\u00f4ler la propagation de ces nouveaux variants. Nous utilisons les donn\u00e9es des s\u00e9quences pour effectuer une surveillance g\u00e9nomique des variants pr\u00e9occupants existants, de m\u00eame que les nouveaux variants qui peuvent appara\u00eetre au Canada et qui augmentent la gravit\u00e9 de la maladie, sa transmissibilit\u00e9, et l\u2019 l\u2019\u00e9vasion immunitaire. Nous utilisons \u00e9galement les donn\u00e9es des s\u00e9quences pour \u00e9tudier les \u00e9closions, par exemple les cas de super-propagation.<\/p>\n

Dre<\/sup> Lopez-Correa<\/strong> : Nous s\u00e9quen\u00e7ons actuellement cinq pour cent environ des cas positifs de COVID-19, un taux sup\u00e9rieur \u00e0 celui des autres pays de comparaison. Il faut aussi souligner que nous \u00e9laborons une strat\u00e9gie d\u2019\u00e9chantillonnage pour nous aider \u00e0 \u00e9tablir un ordre de priorit\u00e9 dans le s\u00e9quen\u00e7age au Canada. Nous \u00e9changeons \u00e9galement des donn\u00e9es \u00e0 l\u2019\u00e9chelle mondiale \u2013 d\u2019abord au Canada, puis ensuite dans le monde. Nous avons consacr\u00e9 beaucoup de temps et d\u2019\u00e9nergie \u00e0 renforcer notre capacit\u00e9, \u00e0 cr\u00e9er des protocoles, \u00e0 mettre en place tous ces \u00e9l\u00e9ments qui ont maintenant de profondes r\u00e9percussions sur notre r\u00e9ponse \u00e0 ces nouveaux variants. Le r\u00f4le vital du R\u00e9seau dans notre recherche de solutions \u00e0 ces grands d\u00e9fis est ind\u00e9niable.<\/p>\n

La d\u00e9couverte de ces nouveaux variants a-t-elle modifi\u00e9 la strat\u00e9gie? Si oui, comment?<\/strong><\/h2>\n

Dr<\/sup> Van Domselaar<\/strong> : La d\u00e9couverte de ces nouveaux variants n\u2019a pas tant modifi\u00e9 la strat\u00e9gie que les priorit\u00e9s. Nous avons d\u00fb, cependant, \u00e9laborer des strat\u00e9gies cibl\u00e9es pr\u00e9cises pour la d\u00e9tection et la surveillance de ces variants. Ces priorit\u00e9s ont \u00e9t\u00e9 largement r\u00e9parties dans la communaut\u00e9 de la sant\u00e9 publique et les travailleurs de premi\u00e8re ligne pour qu\u2019ils puissent les mettre en \u0153uvre. Elles ont tr\u00e8s bien r\u00e9ussi.<\/p>\n

Comment les travaux du RCanG\u00e9CO aideront-ils maintenant \u00e0 relever les d\u00e9fis cr\u00e9\u00e9s par cette pand\u00e9mie et les crises de sant\u00e9 publique futures? <\/strong><\/h2>\n

Dre<\/sup> Lopez-Correa<\/strong> : Le RCanG\u00e9CO contribue consid\u00e9rablement \u00e0 l\u2019augmentation des capacit\u00e9s scientifiques et techniques n\u00e9cessaires \u00e0 la surveillance et \u00e0 la r\u00e9ponse g\u00e9nomique \u00e0 la COVID-19, mais il a \u00e9galement mis une capacit\u00e9 fondamentale \u00e9norme \u00e0 la disposition de la g\u00e9nomique de la sant\u00e9 publique en g\u00e9n\u00e9ral. La communaut\u00e9 canadienne de la sant\u00e9 publique entend tirer parti de cette capacit\u00e9 pour appliquer la science et la technologie g\u00e9nomiques \u00e0 la lutte et \u00e0 la pr\u00e9vention d\u2019autres maladies infectieuses qui circulent au Canada. Cela devrait assurer des avantages importants, \u00e0 long terme et recherch\u00e9s depuis longtemps au syst\u00e8me de sant\u00e9 publique canadien.<\/p>\n

\n

Le R\u00e9seau canadien de g\u00e9nomique COVID-19 (RCanG\u00e9CO)<\/em><\/a> a pour mission de relever le d\u00e9fi de la COVID-19 en produisant les donn\u00e9es accessibles et utilisables des g\u00e9nomes viraux et humains pour orienter les d\u00e9cisions strat\u00e9giques et les d\u00e9cisions en sant\u00e9 publique, et mettre au point des traitements et des vaccins. Ce consortium pancanadien est dirig\u00e9 par G\u00e9nome Canada, en partenariat avec les six centres de g\u00e9nomique r\u00e9gionaux, le Laboratoire national de microbiologie et les laboratoires provinciaux de sant\u00e9 publique, les centres de s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome (par le truchement de CGEn), les h\u00f4pitaux, les universit\u00e9s et l\u2019industrie dans l\u2019ensemble du pays.<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Entretien avec la Dre Catalina Lopez\u2011Correa et le Dr Gary Van Domselaar Un nouveau variant du virus SRAS-CoV-2 qui se propage plus rapidement et plus facilement s\u2019implante au Canada, ce qui fait craindre aux chercheurs et aux repr\u00e9sentants de la sant\u00e9 publique qu\u2019il ne l\u2019emporte rapidement sur la souche qui circule actuellement. 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