{"id":19148,"date":"2021-05-29T12:32:59","date_gmt":"2021-05-29T16:32:59","guid":{"rendered":"https:\/\/genomecanada.ca\/drupal\/blog\/utilisation-des-donnees-contextuelles-dans-la-lutte-contre-la-covid-19\/"},"modified":"2022-05-02T13:51:22","modified_gmt":"2022-05-02T13:51:22","slug":"utilisation-des-donnees-contextuelles-dans-la-lutte-contre-la-covid-19","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/genomecanada.ca\/fr\/utilisation-des-donnees-contextuelles-dans-la-lutte-contre-la-covid-19\/","title":{"rendered":"Utilisation des donn\u00e9es contextuelles dans la lutte contre la COVID-19"},"content":{"rendered":"

Entretien avec Emma Griffiths, Ph. D.<\/strong><\/h2>\n

\"EmmaLes donn\u00e9es contextuelles, par exemple la provenance d\u2019un \u00e9chantillon de SRAS-CoV-2, le moment o\u00f9 il a \u00e9t\u00e9 recueilli et la fa\u00e7on dont il l\u2019a \u00e9t\u00e9, sont indispensables \u00e0 la surveillance g\u00e9nomique de la COVID-19. Aussi appel\u00e9es \u00ab m\u00e9tadonn\u00e9es \u00bb, les donn\u00e9es contextuelles sont n\u00e9cessaires pour comprendre la propagation du virus et pr\u00e9voir les interventions de la sant\u00e9 publique. Tous les ensembles de donn\u00e9es contextuelles ne sont toutefois pas \u00e9gaux et pour cette raison, la normalisation des donn\u00e9es est un pilier essentiel des efforts nationaux et internationaux de surveillance de la COVID-19. <\/p>\n

Au cours de la derni\u00e8re ann\u00e9e, l\u2019initiative VirusSeq du RCanG\u00e9CO a fait des progr\u00e8s importants en mati\u00e8re de normalisation des donn\u00e9es, faisant du Canada un chef de file mondial dans ce domaine.<\/strong><\/p>\n

Les donn\u00e9es contextuelles viennent de diverses sources, par exemple les formulaires de d\u00e9claration de cas remplis par les professionnels de la sant\u00e9 au moment des tests de COVID-19 et des suivis, les logiciels de suivi des m\u00e9thodes de collecte des \u00e9chantillons, de s\u00e9quen\u00e7age et des analyses bio-informatiques. Il existe, au Canada, au moins huit versions diff\u00e9rentes du formulaire de d\u00e9claration de cas utilis\u00e9 par les autorit\u00e9s f\u00e9d\u00e9rales et provinciales de sant\u00e9 publique qui contiennent diff\u00e9rentes zones de donn\u00e9es et posent diff\u00e9rents types de questions. Ces divergences compliquent la comparaison et l\u2019int\u00e9gration des donn\u00e9es.<\/p>\n

Nous avons demand\u00e9 \u00e0 Emma Griffiths, Ph. D., pourquoi la normalisation des donn\u00e9es rev\u00eat autant d\u2019importance dans la lutte contre la COVID-19. Mme<\/sup> Griffiths est pr\u00e9sidente du Groupe de travail sur les structures de donn\u00e9es \u00e0 la Public Health Alliance for Genomic Epidemiology<\/a> (PHA4GE) et chef d\u2019\u00e9quipe Groupe de travail sur l\u2019analyse des m\u00e9tadonn\u00e9es de l\u2019initiative VirusSeq du RCanG\u00e9CO<\/a> \u00e0 qui l\u2019on a confi\u00e9 la t\u00e2che de normaliser les donn\u00e9es contextuelles.<\/p>\n

\n

\u00ab Si l\u2019on imagine la complexit\u00e9 de l\u2019int\u00e9gration des donn\u00e9es des diverses instances canadiennes pour la r\u00e9alisation des \u00e9tudes, on imagine aussi la complexit\u00e9 encore plus grande de l\u2019int\u00e9gration des donn\u00e9es provenant d\u2019ailleurs dans le monde. Notre norme est mise en \u0153uvre aux \u00c9tats-Unis, en Australie, en Am\u00e9rique latine et dans des pays d\u2019Afrique. Nous abordons dans la communaut\u00e9 internationale un grand nombre des m\u00eames enjeux que ceux que nous abordons au RCanG\u00e9CO. \u00bb \u2014 Emma Griffiths, Ph. D.<\/em><\/h3>\n
\n

Que sont exactement les donn\u00e9es contextuelles (aussi appel\u00e9es \u00ab m\u00e9tadonn\u00e9es \u00bb) et pourquoi sont-elles importantes?<\/strong><\/h3>\n

Notre \u00e9quipe, qui se compose du chercheur principal William Hsiao, Ph. D., de Rhiannon Cameron, de Sarah Savic Kallesoe, de Nithu Sara John, d\u2019Emilie Diver, de Damion Dooley et de moi-m\u00eame, supervise l\u2019harmonisation des m\u00e9tadonn\u00e9es pour l\u2019initiative VirusSeq. Nous pr\u00e9f\u00e9rons parler de donn\u00e9es contextuelles parce qu\u2019on en a besoin pour donner un contexte \u00e0 l\u2019interpr\u00e9tation des donn\u00e9es des s\u00e9quences. Il peut s\u2019agir de donn\u00e9es sur l\u2019\u00e9tat et les r\u00e9sultats de sant\u00e9, les signes et les sympt\u00f4mes de la COVID-19, les conditions pr\u00e9existantes et les facteurs de risque, les complications et les \u00e9valuations cliniques, l\u2019\u00e9tat de la vaccination, de m\u00eame que l\u2019information sur l\u2019exposition, qui comprend des \u00e9l\u00e9ments comme le lieu de r\u00e9sidence de la personne et ses ant\u00e9c\u00e9dents de voyage. Sans de bonnes donn\u00e9es contextuelles, il est tr\u00e8s difficile de faire quoi que ce soit avec les donn\u00e9es produites par le s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9nomique des \u00e9chantillons de SRAS-CoV-2. Combin\u00e9es, les donn\u00e9es du s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9nomique et les donn\u00e9es contextuelles sont indispensables \u00e0 la surveillance et aux interventions de la sant\u00e9 publique, en particulier \u00e0 la compr\u00e9hension de la fa\u00e7on dont la COVID-19 est arriv\u00e9e au Canada, comment elle s\u2019est propag\u00e9e et comment elle touche les personnes dans leurs collectivit\u00e9s.<\/p>\n

Quelles sont les difficult\u00e9s si les donn\u00e9es de s\u00e9quen\u00e7age ne sont pas normalis\u00e9es? <\/strong><\/h3>\n

Nous avons, au Canada, un syst\u00e8me de sant\u00e9 d\u00e9centralis\u00e9 qui rel\u00e8ve de la comp\u00e9tence des provinces. Dans ce contexte, les provinces con\u00e7oivent leurs programmes de sant\u00e9, d\u00e9cident des tests \u00e0 effectuer et des meilleures mesures \u00e0 prendre dans les situations d\u2019urgence de sant\u00e9 publique. Cette fa\u00e7on de faire est sens\u00e9e parce que les provinces sont proches de leurs collectivit\u00e9s et elles les connaissent le mieux. Cela veut aussi dire, toutefois, que chacune utilise des bases de donn\u00e9es et des syst\u00e8mes diff\u00e9rents pour recueillir et coder l\u2019information. Celle-ci est recueillie \u00e0 diff\u00e9rents niveaux de d\u00e9tail et sous diverses formes. Les questions sont diff\u00e9rentes, et de ce fait, les \u00e9l\u00e9ments de donn\u00e9es recueillis diff\u00e8rent aussi. Lorsque vient le temps de combiner ces donn\u00e9es en un m\u00eame endroit, les choses peuvent assez rapidement se compliquer. Sans un syst\u00e8me d\u2019harmonisation de ces milliers et milliers d\u2019enregistrements de donn\u00e9es, il devient extr\u00eamement difficile d\u2019int\u00e9grer toute cette information pour brosser un tableau fid\u00e8le.<\/p>\n

Le Groupe de travail sur les m\u00e9tadonn\u00e9es de l\u2019initiative VirusSeq du RCanG\u00e9CO a mis au point un outil logiciel, le DataHarmonizer. Que fait cet outil?<\/strong><\/h3>\n

Cette application ressemble \u00e0 un tableur gr\u00e2ce auquel diff\u00e9rents groupes peuvent saisir des donn\u00e9es contextuelles dans un format normalis\u00e9. Le logiciel DataHarmonizer<\/a> contient tous les champs que nous avons con\u00e7us dans la norme de donn\u00e9es contextuelles, utilis\u00e9e partout au Canada et adopt\u00e9e m\u00eame \u00e0 l\u2019\u00e9chelle internationale. Lorsqu\u2019un utilisateur a inscrit toute l\u2019information, il peut la valider en cliquant sur le bouton \u00ab Valider \u00bb. Toute erreur appara\u00eet surlign\u00e9e en rouge et l\u2019utilisateur peut alors utiliser le bouton Erreur suivante pour r\u00e9soudre les probl\u00e8mes de mani\u00e8re syst\u00e9matique. L\u2019outil permet aux utilisateurs de sauvegarder le fichier ou de l\u2019exporter sous diverses formes, pour qu\u2019il soit pr\u00eat au t\u00e9l\u00e9versement dans diff\u00e9rentes bases et autres d\u00e9p\u00f4ts de donn\u00e9es : un guichet unique qui permet d\u2019organiser les donn\u00e9es en fonction de diff\u00e9rentes utilisations.<\/p>\n

\"Capture<\/p>\n

(DataHarmonizer est offert en anglais seulement)<\/em><\/p>\n

Les travaux de l\u2019initiative VirusSeq du RCanG\u00e9CO sur l\u2019harmonisation des donn\u00e9es ont \u00e9t\u00e9 reconnus \u00e0 l\u2019\u00e9chelle internationale, y compris la norme de donn\u00e9es contextuelles. Pouvez-vous expliquer comment cette norme de donn\u00e9es fonctionne et l\u2019importance de la collaboration internationale dans ce domaine?<\/strong><\/h3>\n

La norme de donn\u00e9es contextuelles est une collection de champs et de termes normalis\u00e9s pour diff\u00e9rents types de donn\u00e9es. Ces derniers comprennent des \u00e9l\u00e9ments comme l\u2019information sur la collecte et le traitement des \u00e9chantillons, les expositions, les sympt\u00f4mes, les conditions pr\u00e9existantes, la vaccination, les r\u00e9infections, le s\u00e9quen\u00e7age, la bio-informatique<\/a> et l\u2019information des tests diagnostiques, de m\u00eame que l\u2019information sur les variants.<\/p>\n

Surtout, cette norme de donn\u00e9es indique qui fait le travail, de sorte que les contributions de tous puissent \u00eatre d\u00fbment reconnues et que les fournisseurs de donn\u00e9es puissent \u00eatre contact\u00e9s en vue de collaborations.<\/p>\n

Si l\u2019on imagine la complexit\u00e9 de l\u2019int\u00e9gration des donn\u00e9es des diverses instances canadiennes pour la r\u00e9alisation des \u00e9tudes, on imagine aussi la complexit\u00e9 encore plus grande de l\u2019int\u00e9gration des donn\u00e9es provenant d\u2019ailleurs dans le monde. Notre norme est mise en \u0153uvre aux \u00c9tats-Unis, en Australie, en Am\u00e9rique latine et dans des pays d\u2019Afrique. Nous abordons dans la communaut\u00e9 internationale un grand nombre des m\u00eames enjeux que ceux que nous abordons au RCanG\u00e9CO. Je fais \u00e9galement partie d\u2019une nouvelle organisation appel\u00e9e la Public Health Alliance for Genomic Epidemiology (PHA4GE). Elle compte des membres de nombreux autres instituts de recherche et agences de sant\u00e9 publique diff\u00e9rentes d\u2019ailleurs dans le monde. Les principaux objectifs de la PHA4GE sont l\u2019am\u00e9lioration de l\u2019interop\u00e9rabilit\u00e9, de la reproductibilit\u00e9 et de la portabilit\u00e9 des outils et des infrastructures de bio-informatique en sant\u00e9 publique, de m\u00eame que le renforcement des capacit\u00e9s dans tous les pays.<\/p>\n

Quels seront les prochains travaux du RCanG\u00e9CO en mati\u00e8re de normalisation des donn\u00e9es contextuelles?<\/strong><\/h3>\n

\u00c0 mesure de l\u2019\u00e9volution de la pand\u00e9mie, nous mettons \u00e0 jour la norme de donn\u00e9es contextuelles et nous ajoutons des fonctionnalit\u00e9s au DataHarmonizer pour am\u00e9liorer son utilisation et son adoption. Nous recevons de plus en plus de demandes de divers groupes qui veulent mettre en \u0153uvre la norme et nous demandent des conseils. \u00c9videmment, aussi, nous nous effor\u00e7ons de consigner le tout par \u00e9crit dans des guides le plus rapidement possible. Voil\u00e0 les activit\u00e9s auxquelles je participe et de nombreux autres travaux sont en cours pour am\u00e9liorer l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es au Canada. Notre \u00e9quipe d\u00e9veloppe \u00e9galement un outil de visualisation des mutations, il y a beaucoup en cours.<\/p>\n

\n

\u00c9coutez cet \u00e9pisode du Micro Binfie Podcast<\/em>, avec l\u2019invit\u00e9e sp\u00e9ciale Emma Griffiths, Ph. D., pour en savoir plus sur les travaux d\u2019harmonisation des donn\u00e9es du RCanG\u00e9CO.<\/a><\/p>\n

Le R\u00e9seau canadien de g\u00e9nomique COVID-19 (RCanG\u00e9CO)<\/em><\/a> a pour mission de relever le d\u00e9fi de la COVID-19 en produisant les donn\u00e9es accessibles et utilisables des g\u00e9nomes viraux et humains pour orienter les d\u00e9cisions strat\u00e9giques et les d\u00e9cisions en sant\u00e9 publique, et mettre au point des traitements et des vaccins. Ce consortium pancanadien est dirig\u00e9 par G\u00e9nome Canada, en partenariat avec les six centres de g\u00e9nomique r\u00e9gionaux, le Laboratoire national de microbiologie et les laboratoires provinciaux de sant\u00e9 publique, les centres de s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome (par le truchement de CGEn), les h\u00f4pitaux, les universit\u00e9s et l\u2019industrie dans l\u2019ensemble du pays.<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Entretien avec Emma Griffiths, Ph. D. Les donn\u00e9es contextuelles, par exemple la provenance d\u2019un \u00e9chantillon de SRAS-CoV-2, le moment o\u00f9 il a \u00e9t\u00e9 recueilli et la fa\u00e7on dont il l\u2019a \u00e9t\u00e9, sont indispensables \u00e0 la surveillance g\u00e9nomique de la COVID-19. Aussi appel\u00e9es \u00ab m\u00e9tadonn\u00e9es \u00bb, les donn\u00e9es contextuelles sont n\u00e9cessaires pour comprendre la propagation du virus et […]<\/p>\n","protected":false},"author":8,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"site-sidebar-layout":"default","site-content-layout":"default","ast-site-content-layout":"default","site-content-style":"default","site-sidebar-style":"default","ast-global-header-display":"","ast-banner-title-visibility":"","ast-main-header-display":"","ast-hfb-above-header-display":"","ast-hfb-below-header-display":"","ast-hfb-mobile-header-display":"","site-post-title":"","ast-breadcrumbs-content":"","ast-featured-img":"","footer-sml-layout":"","ast-disable-related-posts":"","theme-transparent-header-meta":"default","adv-header-id-meta":"","stick-header-meta":"","header-above-stick-meta":"","header-main-stick-meta":"","header-below-stick-meta":"","astra-migrate-meta-layouts":"default","ast-page-background-enabled":"default","ast-page-background-meta":{"desktop":{"background-color":"","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""},"tablet":{"background-color":"","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""},"mobile":{"background-color":"","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""}},"ast-content-background-meta":{"desktop":{"background-color":"var(--ast-global-color-5)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""},"tablet":{"background-color":"var(--ast-global-color-5)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""},"mobile":{"background-color":"var(--ast-global-color-5)","background-image":"","background-repeat":"repeat","background-position":"center center","background-size":"auto","background-attachment":"scroll","background-type":"","background-media":"","overlay-type":"","overlay-color":"","overlay-opacity":"","overlay-gradient":""}},"footnotes":""},"categories":[34,127],"tags":[],"mission-categories":[],"class_list":["post-19148","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-news","category-news-fr"],"acf":[],"yoast_head":"\nUtilisation des donn\u00e9es contextuelles dans la lutte contre la COVID-19 - GenomeCanada<\/title>\n<meta name=\"robots\" content=\"index, follow, max-snippet:-1, max-image-preview:large, max-video-preview:-1\" \/>\n<link rel=\"canonical\" href=\"https:\/\/genomecanada.ca\/fr\/utilisation-des-donnees-contextuelles-dans-la-lutte-contre-la-covid-19\/\" \/>\n<meta property=\"og:locale\" content=\"fr_FR\" \/>\n<meta property=\"og:type\" content=\"article\" \/>\n<meta property=\"og:title\" content=\"Utilisation des donn\u00e9es contextuelles dans la lutte contre la COVID-19 - GenomeCanada\" \/>\n<meta property=\"og:description\" content=\"Entretien avec Emma Griffiths, Ph. 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