{"id":19150,"date":"2021-05-31T17:30:10","date_gmt":"2021-05-31T17:30:10","guid":{"rendered":"https:\/\/genomecanada.ca\/drupal\/blog\/le-projet-hostseq-du-rcangeco-pour-mission-de-comprendre-la-variabilite-des\/"},"modified":"2022-05-02T13:51:07","modified_gmt":"2022-05-02T13:51:07","slug":"le-projet-hostseq-du-rcangeco-pour-mission-de-comprendre-la-variabilite-des","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/genomecanada.ca\/fr\/le-projet-hostseq-du-rcangeco-pour-mission-de-comprendre-la-variabilite-des\/","title":{"rendered":"Le projet HostSeq du RCanG\u00e9CO a pour mission de comprendre la variabilit\u00e9 des r\u00e9sultats de la COVID-19"},"content":{"rendered":"

Entretien avec Naveed Aziz, Ph. D.<\/strong><\/h2>\n

\"Naveed<\/p>\n

L\u2019initiative HostSeq<\/a> du R\u00e9seau canadien de g\u00e9nomique COVID-19 (RCanG\u00e9CO) effectue le s\u00e9quen\u00e7age des g\u00e9nomes de quelque 10\u2009000 Canadiens atteints de la COVID-19 (\u00ab\u2009les h\u00f4tes\u2009\u00bb) afin d\u2019orienter notre compr\u00e9hension des effets de la COVID-19 sur diff\u00e9rentes populations et la prise de d\u00e9cisions en sant\u00e9 publique. Dirig\u00e9e par CGEn<\/a>, l\u2019initiative a cr\u00e9\u00e9 la Banque de donn\u00e9es nationale du projet HostSeq de CGen<\/a> dans laquelle les donn\u00e9es de s\u00e9quen\u00e7age sont d\u00e9pos\u00e9es et mises \u00e0 la disposition des chercheurs du Canada et d\u2019ailleurs dans le monde.<\/p>\n

Le s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome des h\u00f4tes est indispensable \u00e0 la riposte du Canada \u00e0 la pand\u00e9mie et \u00e0 la pr\u00e9paration en cas de probl\u00e8mes de sant\u00e9 publique futurs. Il nous aide \u00e0 r\u00e9pondre \u00e0 des questions importantes, par exemple, pourquoi la maladie nuit \u00e0 certaines personnes plus qu\u2019\u00e0 d\u2019autres. En d\u00e9couvrant de nouveaux biomarqueurs du risque de gravit\u00e9 de la maladie dans des \u00e9chantillons d\u2019h\u00f4tes, la recherche appuy\u00e9e par l\u2019initiative HostSeq aidera, entre autres, \u00e0 orienter les nouvelles strat\u00e9gies th\u00e9rapeutiques.  <\/p>\n

Les chercheurs financ\u00e9s par l\u2019initiative HostSeq ont acc\u00e8s gratuitement \u00e0 l\u2019extraction de l\u2019ADN et au s\u00e9quen\u00e7age pang\u00e9nomique, et une copie des donn\u00e9es est d\u00e9pos\u00e9e dans la banque de donn\u00e9es du projet HostSeq. Les chercheurs de partout au Canada peuvent ainsi renforcer leurs travaux respectifs gr\u00e2ce \u00e0 l\u2019\u00e9change des donn\u00e9es.<\/p>\n

\n

\u00ab\u2009Lorsque la pand\u00e9mie a frapp\u00e9, de nombreux chercheurs en sant\u00e9 ont eu un besoin urgent de donn\u00e9es scientifiques susceptibles de les aider \u00e0 comprendre les m\u00e9canismes de manifestation de la maladie. Plus pr\u00e9cis\u00e9ment, ils avaient besoin de donn\u00e9es qui allaient orienter les d\u00e9cisions en mati\u00e8re de traitements, soutenir les th\u00e9rapies et favoriser la mise au point de vaccins.\u2009\u00bb \u2014 Naveed Aziz, Ph. D.<\/em><\/h3>\n
\n

En quoi la banque de donn\u00e9es du projet HostSeq de CGEn est-elle la premi\u00e8re du genre au Canada?<\/strong><\/h3>\n

Historiquement, l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me canadien de la g\u00e9nomique n\u2019avait pas d\u2019ensembles de donn\u00e9es populationnelles et nous n\u2019avions pas de pipeline fonctionnel pour nous r\u00e9orienter et nous concentrer sur les donn\u00e9es dont nous avions besoin pour comprendre comment la COVID-19 affectait des populations diff\u00e9rentes. Voil\u00e0 pourquoi cette banque de donn\u00e9es est si essentielle et constitue une premi\u00e8re au Canada. Pour la premi\u00e8re fois, nous disposerons de grands ensembles de donn\u00e9es que les chercheurs du Canada et d\u2019ailleurs dans le monde pourront exploiter.<\/p>\n

Que fera la banque de donn\u00e9es?<\/strong><\/h3>\n

\u00c0 court terme, elle nous aidera \u00e0 comprendre pourquoi certaines personnes sont g\u00e9n\u00e9tiquement pr\u00e9dispos\u00e9es \u00e0 des sympt\u00f4mes plus s\u00e9v\u00e8res ou plus l\u00e9gers. Nous pouvons utiliser cette information pour orienter les soins m\u00e9dicaux que nous devons prodiguer \u00e0 ces personnes. Par exemple, si nous savons qu\u2019une personne a une pr\u00e9disposition naturelle \u00e0 la forme grave de la maladie, nous pouvons commencer \u00e0 utiliser les donn\u00e9es du s\u00e9quen\u00e7age des h\u00f4tes pour prendre de meilleures d\u00e9cisions dans tout le syst\u00e8me de sant\u00e9, par exemple pour d\u00e9terminer quel patient devrait \u00eatre admis aux soins intensifs et quel patient devrait plut\u00f4t rester chez lui.  <\/p>\n

\u00c0 moyen terme, nous commencerons \u00e0 exploiter les donn\u00e9es pour trouver d\u2019\u00e9ventuelles cibles th\u00e9rapeutiques. Si l\u2019on pense \u00e0 l\u2019\u00e9quit\u00e9 en mati\u00e8re de sant\u00e9 dans le monde et aux difficult\u00e9s entourant l\u2019efficacit\u00e9, le stockage et l\u2019administration des vaccins, les donn\u00e9es de s\u00e9quen\u00e7age des h\u00f4tes peuvent nous aider \u00e0 d\u00e9velopper des vaccins cibl\u00e9s ou d\u2019autres m\u00e9dicaments qui pourraient \u00eatre pris par voie orale, par exemple.<\/p>\n

\u00c0 long terme, lorsqu\u2019une autre pand\u00e9mie ou un autre probl\u00e8me important de sant\u00e9 publique surviendra, nous pourrons exploiter cette banque de donn\u00e9es et tirer profit des le\u00e7ons de ce que nous aurons fait pour la COVID-19.<\/p>\n

Pourquoi CGEn \u00e9tait-elle la bonne organisation pour diriger la conception et la r\u00e9alisation de cette initiative?<\/strong><\/h3>\n

CGEn a \u00e9t\u00e9 cr\u00e9\u00e9e pour \u00eatre pr\u00eats \u00e0 intervenir en cas de d\u00e9fis scientifiques de grande envergure au Canada. CGEn a des liens \u00e0 l\u2019\u00e9chelle r\u00e9gionale, nationale et internationale, ce qui nous permet de r\u00e9agir rapidement aux besoins \u00e9mergents. Nous offrons l\u2019avantage que de nombreux chercheurs canadiens en g\u00e9nomique sont nos clients et des utilisateurs de l\u2019infrastructure de CGEn. Nous avons d\u00e9j\u00e0 un r\u00e9seau de personnes auxquelles nous pouvons faire appel et qui connaissent la qualit\u00e9 des r\u00e9sultats de recherche et de l\u2019influence de CGEn. L\u2019organisation a \u00e9t\u00e9 cr\u00e9\u00e9e en 2014 et elle est principalement financ\u00e9e par la Fondation canadienne pour l\u2019innovation, de m\u00eame que d\u2019autres intervenants comme G\u00e9nome Canada et les \u00e9tablissements h\u00f4tes. Nous soutenons annuellement plus de 2\u2009000 groupes de recherche ind\u00e9pendants.<\/p>\n

Quelles difficult\u00e9s avez-vous d\u00fb r\u00e9soudre lorsque vous avez lanc\u00e9 la banque de donn\u00e9es?<\/strong><\/h3>\n

La plus grande difficult\u00e9 \u00e9tait le manque de pr\u00e9paration, c\u2019est-\u00e0-dire que nous n\u2019avions pas de politiques de gouvernance pour mener des recherches en g\u00e9nomique appliqu\u00e9es \u00e0 la sant\u00e9 d\u2019envergure nationale. D\u2019autres pays ont de vastes programmes qui existent depuis de nombreuses ann\u00e9es. Nous avons \u00e9galement un syst\u00e8me de sant\u00e9 qui est financ\u00e9 par le gouvernement f\u00e9d\u00e9ral et administr\u00e9 par les provinces, ce qui complique la gouvernance de projets nationaux. Il faudrait normalement des ann\u00e9es pour mettre en place, par exemple, une politique nationale sur le consentement commun. En raison de la pand\u00e9mie, nous avons pu le faire en moins de 10 semaines, ce dont toutes les personnes concern\u00e9es peuvent \u00eatre tr\u00e8s fi\u00e8res.<\/p>\n

Compte tenu de la sous-repr\u00e9sentation de diverses populations dans de nombreuses collectes de donn\u00e9es g\u00e9nomiques, comment veillez-vous \u00e0 ce que tout le Canada soit repr\u00e9sent\u00e9 dans les donn\u00e9es recueillies?<\/strong><\/h3>\n

Il nous faut nous rendre compte et reconna\u00eetre que les obstacles \u00e0 l\u2019inclusion peuvent \u00eatre tr\u00e8s compliqu\u00e9s. Notre mod\u00e8le privil\u00e9gie l\u2019\u00e9tablissement de partenariats diversifi\u00e9s et l\u2019inclusion de cohortes uniques de participants dans la banque de donn\u00e9es du projet HostSeq. Nous le faisons en veillant \u00e0 ce que cette ressource nationale soit inclusive et repr\u00e9sentative de la population canadienne. Nous avons une solide strat\u00e9gie nationale qui aborde les obstacles \u00e0 l\u2019inclusion des groupes sous-repr\u00e9sent\u00e9s, dont les collectivit\u00e9s autochtones, noires, sud-asiatiques et hispaniques. Il s\u2019agit d\u2019instaurer une collaboration r\u00e9elle avec les collectivit\u00e9s et de prendre des mesures additionnelles pour s\u2019assurer que les donn\u00e9es repr\u00e9sentent la population canadienne r\u00e9elle.<\/p>\n

Comment les donn\u00e9es produites par le projet HostSeq sont-elles \u00e9chang\u00e9es et qui peut y avoir acc\u00e8s?<\/strong><\/h3>\n

Nous avons une infrastructure nationale de recherche ax\u00e9e sur la collaboration exceptionnelle. Notre plateforme de s\u00e9quen\u00e7age et d\u2019analyse est accessible aux chercheurs canadiens et internationaux de toutes les disciplines et travaillant dans des universit\u00e9s, le secteur priv\u00e9 et au gouvernement. Nous offrons des services de production d\u2019analyse de s\u00e9quences \u00e0 haut d\u00e9bit, \u00e0 faible co\u00fbt et de grande qualit\u00e9 afin de d\u00e9coder des g\u00e9nomes complets. Les donn\u00e9es du projet HostSeq sont accessibles aux chercheurs nationaux et internationaux par l\u2019entremise d\u2019un Bureau de conformit\u00e9 de l\u2019acc\u00e8s aux donn\u00e9es.<\/p>\n

Comment vous assurerez-vous d\u2019avoir le maximum d\u2019impact?<\/strong><\/h3>\n

Nous nous assurons de fournir l\u2019acc\u00e8s au plus grand nombre possible de chercheurs \u2013 fournir les donn\u00e9es aux personnes qui les utiliseront est notre priorit\u00e9.<\/p>\n

Comment les questions de respect de la vie priv\u00e9e seront-elles abord\u00e9es?<\/strong><\/h3>\n

Il est important que les Canadiens sachent que la protection de leurs renseignements personnels est primordiale m\u00eame si nous rendons les donn\u00e9es de s\u00e9quen\u00e7age et les donn\u00e9es cliniques largement accessibles aux chercheurs. Les \u00e9chantillons que nous recueillons sont d\u00e9personnalis\u00e9s avant de proc\u00e9der au s\u00e9quen\u00e7age pang\u00e9nomique et de verser l\u2019information correspondante dans la banque de donn\u00e9es. CGEn ne conserve aucun identifiant qui pourrait lier des renseignements personnels \u00e0 une ou \u00e0 un participant. Le chercheur consentant garde ces renseignements, ce qui garantit le respect de la vie priv\u00e9e de tous les participants.<\/p>\n

\n

Le R\u00e9seau canadien de g\u00e9nomique COVID-19 (RCanG\u00e9CO)<\/em><\/a> a pour mission de relever le d\u00e9fi de la COVID-19 en produisant les donn\u00e9es accessibles et utilisables des g\u00e9nomes viraux et humains pour orienter les d\u00e9cisions strat\u00e9giques et les d\u00e9cisions en sant\u00e9 publique, et mettre au point des traitements et des vaccins. Ce consortium pancanadien est dirig\u00e9 par G\u00e9nome Canada, en partenariat avec les six centres de g\u00e9nomique r\u00e9gionaux, le Laboratoire national de microbiologie et les laboratoires provinciaux de sant\u00e9 publique, les centres de s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome (par le truchement de CGEn), les h\u00f4pitaux, les universit\u00e9s et l\u2019industrie dans l\u2019ensemble du pays.<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Entretien avec Naveed Aziz, Ph. D. L\u2019initiative HostSeq du R\u00e9seau canadien de g\u00e9nomique COVID-19 (RCanG\u00e9CO) effectue le s\u00e9quen\u00e7age des g\u00e9nomes de quelque 10\u2009000 Canadiens atteints de la COVID-19 (\u00ab\u2009les h\u00f4tes\u2009\u00bb) afin d\u2019orienter notre compr\u00e9hension des effets de la COVID-19 sur diff\u00e9rentes populations et la prise de d\u00e9cisions en sant\u00e9 publique. 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