{"id":19169,"date":"2021-12-02T19:41:58","date_gmt":"2021-12-02T19:41:58","guid":{"rendered":"https:\/\/genomecanada.ca\/drupal\/blog\/utilisation-des-outils-de-recherche-sur-le-cancer-pour-batir-le-portail-canadien\/"},"modified":"2022-05-02T13:44:43","modified_gmt":"2022-05-02T13:44:43","slug":"utilisation-des-outils-de-recherche-sur-le-cancer-pour-batir-le-portail-canadien","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/genomecanada.ca\/fr\/utilisation-des-outils-de-recherche-sur-le-cancer-pour-batir-le-portail-canadien\/","title":{"rendered":"Utilisation des outils de recherche sur le cancer pour b\u00e2tir le Portail canadien des donn\u00e9es du projet VirusSeq"},"content":{"rendered":"<h4><em>Entrevue avec le D<sup>r<\/sup> Lincoln Stein, chef, Oncologie adaptative, Institut ontarien de recherche sur le cancer <strong>&nbsp;<\/strong><\/em><\/h4>\n<p><img fetchpriority=\"high\" decoding=\"async\" class=\" size-full wp-image-1097\" alt=\"Dr Lincoln Stein\" src=\"https:\/\/genomecanada.ca\/drupal\/wp-content\/uploads\/2021\/12\/picture7_0.png\" style=\"width: 624px; height: 235px;\" width=\"624\" height=\"235\" \/><\/p>\n<p><strong>Nous avons demand\u00e9 au <\/strong><a href=\"https:\/\/oicr.on.ca\/leaderships\/lincoln-stein-md-phd\/?lang=fr\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\"><strong>D<sup>r<\/sup> Lincoln Stein<\/strong><\/a><strong>,<\/strong> <strong>chef, Oncologie adaptative \u00e0 l\u2019Institut ontarien de recherche sur le cancer (IORC) de nous parler du r\u00f4le de l\u2019OIRC dans le Portail canadien de donn\u00e9es du projet VirusSeq. <\/strong>G\u00e9nome Canada a lanc\u00e9 le <a href=\"https:\/\/www.genomecanada.ca\/fr\/nouvelles\/genome-canada-lance-le-portail-national-de-donnees-pour-suivre-la-covid-19-en-temps-reel\">Portail canadien de donn\u00e9es du projet VirusSeq<\/a> le 27&nbsp;avril&nbsp;2021 pour suivre l\u2019\u00e9volution de la pand\u00e9mie de COVID-19 au Canada. Le portail est un pilier de l\u2019infrastructure nationale de donn\u00e9es qui renforce la capacit\u00e9 du Canada de g\u00e9rer la pand\u00e9mie actuelle \u2013 et toute pand\u00e9mie ult\u00e9rieure \u2013 par l\u2019\u00e9change et le ressourcement des s\u00e9quences de g\u00e9nomes viraux. Cette solution canadienne en mati\u00e8re de donn\u00e9es est l\u2019un des principaux livrables de la <a href=\"https:\/\/www.canada.ca\/fr\/sante-publique\/nouvelles\/2021\/02\/le-gouvernement-du-canada-investit-53-millions-de-dollars-dans-la-lutte-contre-les-variants-preoccupants-du-virus-de-la-covid-19.html\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Strat\u00e9gie int\u00e9gr\u00e9e de lutte contre les variants pr\u00e9occupants<\/a>&nbsp;de 53 millions de dollars, annonc\u00e9e par le gouvernement du Canada le 12 f\u00e9vrier 2021, pour d\u00e9tecter et contrer les variants pr\u00e9occupants de la COVID-19 au Canada.<\/p>\n<hr \/>\n<h3><em>\u00ab Nous avons cr\u00e9\u00e9 et mis en service tout le portail dans les 28 jours environ qui se sont \u00e9coul\u00e9s entre le d\u00e9but du financement et le lancement. \u00bb &#8211; Dr Lincoln Stein\u200b<\/em><\/h3>\n<hr \/>\n<h2><strong>Quel est le r\u00f4le de l\u2019IORC dans le Portail canadien de donn\u00e9es du projet VirusSeq?<\/strong><\/h2>\n<p>Nous avons trois r\u00f4les. Premi\u00e8rement, nous sommes un producteur de donn\u00e9es, mais ce r\u00f4le s\u2019est beaucoup att\u00e9nu\u00e9. &nbsp;&nbsp;&nbsp;<\/p>\n<p>Deuxi\u00e8mement, nous participons au RCanG\u00e9CO et nous avons effectu\u00e9 une bonne partie de la premi\u00e8re tranche de s\u00e9quen\u00e7age de g\u00e9nomes viraux avant que les laboratoires de sant\u00e9 publique soient en mesure d\u2019effectuer du s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9nomique.&nbsp; Nous avons fait plus de 4&nbsp;000&nbsp;des premi\u00e8res s\u00e9quences virales en Ontario. &nbsp;<\/p>\n<p>Troisi\u00e8mement, nous sommes les principaux concepteurs de logiciels pour le Portail canadien de donn\u00e9es du projet VirusSeq, le d\u00e9p\u00f4t central de tous les ensembles de donn\u00e9es du <a href=\"https:\/\/www.genomecanada.ca\/fr\/rcang%C3%A9co\/rcang%C3%A9co-virusseq\">s\u00e9quen\u00e7age des virus<\/a> financ\u00e9 par le RCanG\u00e9CO. La ressource est publique et ouverte \u00e0 toute personne ayant un acc\u00e8s \u00e0 Internet qui veut t\u00e9l\u00e9charger des s\u00e9quences virales compl\u00e8tes et les donn\u00e9es connexes en libre acc\u00e8s pour les patients donneurs qui soumettent leur test. L\u2019\u00e9quipe de d\u00e9veloppement de logiciels de l\u2019IORC collabore \u00e9galement avec la Supergrappe des technologies num\u00e9riques du Canada dans le Projet du Nuage COVID qui fournit des installations permettant d\u2019effectuer une analyse int\u00e9grative en aval parmi les ensembles de donn\u00e9es sur les s\u00e9quences virales et de donn\u00e9es \u00e0 acc\u00e8s contr\u00f4l\u00e9 gr\u00e2ce \u00e0 laquelle les chercheurs peuvent cerner les changements dans le g\u00e9nome viral qui modifient sa pathog\u00e9nicit\u00e9 (capacit\u00e9 d\u2019un organisme de causer une maladie) ou le taux d\u2019infection. &nbsp;<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/oicr.on.ca\/with-astonishing-speed-oicr-team-creates-national-covid-19-genomic-data-portal\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Visitez l\u2019IORC pour en savoir plus<\/a>.<\/p>\n<h2><strong>Quel est votre r\u00f4le pr\u00e9cis\u00e9ment?<\/strong><\/h2>\n<p>Je suis directeur par int\u00e9rim du groupe d\u2019informatique g\u00e9nomique \u00e0 l\u2019IORC. Mon r\u00f4le \u00e0 temps plein est celui de chef du Programme d\u2019oncologie adaptative \u00e0 l\u2019IORC, ce qui comprend notre groupe de g\u00e9nomique, le groupe d\u2019informatique g\u00e9nomique, le groupe de pathologie de d\u00e9veloppement des diagnostics, le groupe de l\u2019imagerie et le groupe de g\u00e9n\u00e9matique. Compte tenu de l\u2019impact de la COVID-19 sur les patients atteints de cancer et la recherche sur le cancer, j\u2019ai donn\u00e9 le feu vert \u00e0 nos chercheurs pour qu\u2019ils commencent des travaux sur la COVID-19 autres que la recherche sur le cancer pendant la pand\u00e9mie.<\/p>\n<h2><strong>Le Portail de donn\u00e9es a \u00e9t\u00e9 d\u00e9velopp\u00e9 \u00e0 une vitesse incroyable. Comment l\u2019IORC a-t-il contribu\u00e9 \u00e0 le rendre fonctionnel en si peu de temps?&nbsp;<\/strong><\/h2>\n<p>Nous avons cr\u00e9\u00e9 et mis en service tout le portail dans les 28 jours environ qui se sont \u00e9coul\u00e9s entre le d\u00e9but du financement et le lancement. Un grand nombre des logiciels existaient d\u00e9j\u00e0 pour nos projets li\u00e9s au cancer. Le portail est propuls\u00e9 par <a href=\"https:\/\/www.overture.bio\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Overture<\/a>, une suite logicielle \u00e0 code source libre de gestion et d\u2019\u00e9change des donn\u00e9es \u00e0 grande \u00e9chelle.<\/p>\n<p>L\u2019une des difficult\u00e9s auxquelles nous nous sommes heurt\u00e9s a trait aux caract\u00e9ristiques op\u00e9rationnelles diff\u00e9rentes du portail que nous ne connaissions pas vraiment. Nous avons l\u2019habitude d\u2019un petit nombre de patients, entre 10&nbsp;000&nbsp;et 20&nbsp;000 tout au plus, ayant de tr\u00e8s grands g\u00e9nomes. Au lieu de cela, dans le cadre de l\u2019initiative VirusSeq du RCanG\u00e9CO, nous avons un grand nombre de petits g\u00e9nomes. Le premier probl\u00e8me a \u00e9t\u00e9 l\u2019arr\u00eat du fonctionnement de tout le syst\u00e8me lorsque nous avons atteint environ 50&nbsp;000&nbsp;g\u00e9nomes viraux, car il y avait plus de g\u00e9nomique que le syst\u00e8me ne pouvait en accepter. Nous avons donc rapidement augment\u00e9 la capacit\u00e9 \u00e0 100&nbsp;000&nbsp;g\u00e9nomes, puis lorsque nous nous sommes rapproch\u00e9s de ce plafond, nous sommes pass\u00e9s \u00e0 200&nbsp;000. Nous continuons de devoir adapter le logiciel pour aller au-del\u00e0 de ces limites bas\u00e9es sur des hypoth\u00e8ses formul\u00e9es il y a des ann\u00e9es pour le cancer.<\/p>\n<h2><strong>Maintenant que le Portail est fonctionnel, que pr\u00e9voit le groupe du Portail de donn\u00e9es pour l\u2019avenir?&nbsp;<\/strong><\/h2>\n<p>L\u2019objectif imm\u00e9diat du RCanG\u00e9CO \u00e9tait de cr\u00e9er un d\u00e9p\u00f4t complet pour que toutes les s\u00e9quences g\u00e9nomiques que nous produisions puissent s\u2019y trouver. Notre \u00e9quipe d\u2019informatique g\u00e9nomique \u00e0 l\u2019IORC a b\u00e2ti un d\u00e9p\u00f4t tr\u00e8s rudimentaire qui contient la s\u00e9quence virale et quelque 15 champs cliniques pour les <a href=\"https:\/\/www.genomecanada.ca\/fr\/nouvelles\/blogue\/utilisation-des-donnees-contextuelles-dans-la-lutte-contre-la-covid-19\">donn\u00e9es contextuelles<\/a>, mais \u00e0 peu pr\u00e8s rien d\u2019autre. M\u00eame si nous avons r\u00e9cemment ajout\u00e9 une visualisation de l\u2019arbre g\u00e9n\u00e9alogique des lign\u00e9es virales qui illustrent l\u2019\u00e9mergence des variants pr\u00e9occupants, nous ne fournissons pas (encore) de cartes interactives des lieux o\u00f9 les cas ont \u00e9t\u00e9 recueillis au Canada ou des lignes du temps montrant la croissance ou la diminution des cas.<\/p>\n<p>Cette fonctionnalit\u00e9 est assur\u00e9e par un autre partenaire, <a href=\"https:\/\/dnastack.com\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">DNAstack<\/a> et sa plateforme infonuagique COVID. Le Portail de donn\u00e9es est libre d\u2019acc\u00e8s, mais le Nuage COVID est un environnement \u00e0 acc\u00e8s contr\u00f4l\u00e9. Il faut demander l\u2019acc\u00e8s au Nuage et avoir un plan exp\u00e9rimental pour l\u2019utiliser. Comme le public n\u2019y a g\u00e9n\u00e9ralement pas acc\u00e8s, nous aimerions avoir une partie de cette fonctionnalit\u00e9 dans le Portail pour donner aux gens une vue de premier ordre de l\u2019\u00e9volution du virus, sa propagation et sa r\u00e9gression partout au Canada \u2014 et une id\u00e9e de ce qu\u2019on peut obtenir par l\u2019interface compl\u00e8te du Nuage COVID. Cela nous permettrait d\u2019aider un chercheur occasionnel \u2013 un directeur d\u2019\u00e9cole secondaire, par exemple \u2013 qui veut consulter les donn\u00e9es pour faciliter la prise de d\u00e9cisions localement. &nbsp;<\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/virusseq-dataportal.ca\/team\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">En savoir plus sur l\u2019\u00e9quipe qui a cr\u00e9\u00e9 cette solution canadienne en mati\u00e8re de donn\u00e9es.<\/a><\/p>\n<h2><strong>Les provinces canadiennes partagent leurs donn\u00e9es de s\u00e9quen\u00e7age des virus avec la banque de la Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) depuis le d\u00e9but de la pand\u00e9mie de COVID-19. Pourquoi \u00e9tait-il important de cr\u00e9er une plateforme canadienne d\u2019\u00e9change des donn\u00e9es?&nbsp;<\/strong><\/h2>\n<p>Premi\u00e8rement, l\u2019\u00e9change des laboratoires canadiens de sant\u00e9 publique avec les bases de donn\u00e9es internationales n\u2019\u00e9tait pas uniforme et seule une fraction des donn\u00e9es \u00e9tait \u00e9chang\u00e9e. Deuxi\u00e8mement, il n\u2019y avait pas de normes concernant le type de donn\u00e9es qu\u2019\u00e9changeaient les diff\u00e9rentes provinces. Ces derni\u00e8res \u00e9changeaient certains champs cliniques et d\u2019autres pas, ce qui donnait l\u2019impression qu\u2019il y avait de grandes diff\u00e9rences entre les provinces alors qu\u2019en r\u00e9alit\u00e9, il s\u2019agissait simplement de divergences dans les politiques relatives aux donn\u00e9es. Le RCanG\u00e9CO voulait une conservation centralis\u00e9e dot\u00e9e d\u2019un ensemble de normes pour la v\u00e9rification de l\u2019int\u00e9gralit\u00e9 et l\u2019uniformit\u00e9 des donn\u00e9es. &nbsp;<\/p>\n<p>Renseignez-vous sur le <a href=\"https:\/\/www.genomecanada.ca\/fr\/nouvelles\/blogue\/controle-de-la-qualite-du-sequencage-du-sras-cov-2\">contr\u00f4le de la qualit\u00e9 du s\u00e9quen\u00e7age du SRAS-CoV-2<\/a> et <a href=\"https:\/\/www.genomecanada.ca\/fr\/nouvelles\/blogue\/nous-vous-presentons-une-curatrice-de-donnees-du-rcangeco\">nous vous pr\u00e9sentons une curatrice de donn\u00e9es du RCanG\u00e9CO<\/a>.<\/p>\n<hr \/>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<div role=\"main\">\n<div style=\"clear:both;\">\n<article about=\"\/fr\/nouvelles\/blogue\/hostseq-permettre-lechange-de-donnees-pour-lutter-contre-la-covid-19-et-resoudre\" role=\"article\" typeof=\"sioc:Item foaf:Document\">\n<div>\n<div>\n<div>\n<div property=\"content:encoded\">\n<p><em><a href=\"https:\/\/www.genomecanada.ca\/fr\/rcang%C3%A9co\/nouvelles\">Le R\u00e9seau canadien de g\u00e9nomique COVID-19 (RCanG\u00e9CO)<\/a>&nbsp;a pour mission de relever le d\u00e9fi de la COVID-19 en produisant les donn\u00e9es accessibles et utilisables des g\u00e9nomes viraux et humains pour orienter les d\u00e9cisions strat\u00e9giques et les d\u00e9cisions en sant\u00e9 publique, et mettre au point des traitements et des vaccins. Ce consortium pancanadien est dirig\u00e9 par G\u00e9nome Canada, en partenariat avec les six centres de g\u00e9nomique r\u00e9gionaux, le Laboratoire national de microbiologie et les laboratoires provinciaux de sant\u00e9 publique, les centres de s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome (par le truchement de CGEn), les h\u00f4pitaux, les universit\u00e9s et l\u2019industrie dans l\u2019ensemble du pays.<\/em><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/article>\n<\/div>\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Entrevue avec le Dr Lincoln Stein, chef, Oncologie adaptative, Institut ontarien de recherche sur le cancer &nbsp; Nous avons demand\u00e9 au Dr Lincoln Stein, chef, Oncologie adaptative \u00e0 l\u2019Institut ontarien de recherche sur le cancer (IORC) de nous parler du r\u00f4le de l\u2019OIRC dans le Portail canadien de donn\u00e9es du projet VirusSeq. 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