{"id":10447,"date":"2015-12-10T10:29:31","date_gmt":"2015-12-10T15:29:31","guid":{"rendered":"http:\/\/drupal.test\/projects\/analyse-haut-debit-multiparametrique-et-pluridimensionnelle-du-systeme-immunitaire\/"},"modified":"2022-08-18T13:42:46","modified_gmt":"2022-08-18T17:42:46","slug":"analyse-haut-debit-multiparametrique-et-pluridimensionnelle-du-systeme-immunitaire","status":"publish","type":"project","link":"https:\/\/genomecanada.ca\/fr\/project\/analyse-haut-debit-multiparametrique-et-pluridimensionnelle-du-systeme-immunitaire\/","title":{"rendered":"Analyse \u00e0 haut d\u00e9bit multiparam\u00e9trique et pluridimensionnelle du syst\u00e8me immunitaire"},"content":{"rendered":"

La cytom\u00e9trie en flux (CMF) est une technique de d\u00e9nombrement, d\u2019examen et de tri de particules microscopiques, habituellement des cellules, en suspension dans un flux liquide. Lorsque les cellules passent dans un appareil de d\u00e9tection optique\/\u00e9lectronique, des mesures multiparam\u00e9triques des caract\u00e9ristiques physiques et\/ou chimiques des cellules sont prises par une s\u00e9rie d\u2019une ou de plusieurs sources lumineuses (habituellement des lasers) et des d\u00e9tecteurs.<\/p>\n

Chaque particule en suspension qui passe dans le faisceau diffuse la lumi\u00e8re et les produits chimiques fluorescents contenus dans la particule ou fix\u00e9s \u00e0 cette derni\u00e8re pendant un processus d\u2019\u00e9tiquetage con\u00e7u pour cibler des prot\u00e9ines sp\u00e9cifiques. Cette combinaison de lumi\u00e8re diffuse et fluorescente est capt\u00e9e par les d\u00e9tecteurs et l\u2019analyse des fluctuations de la luminosit\u00e9 dans chaque d\u00e9tecteur permet d’extrapoler divers types de donn\u00e9es sur la composition physique (c.-\u00e0-d. la taille et la forme) et chimique (c.-\u00e0-d. la quantit\u00e9 relative de prot\u00e9ines pr\u00e9sentes) de chacune des particules. La CMF est une technique de la prot\u00e9omique qui peut \u00eatre utilis\u00e9e pour identifier des populations de cellules et\/ou pour trier et s\u00e9parer des cellules. La technologie s\u2019applique \u00e0 de nombreux domaines de la science, dont la biologie mol\u00e9culaire, la pathologie, l\u2019immunologie, la biologie v\u00e9g\u00e9tale et la biologie marine. Elle est particuli\u00e8rement utile en biologie mol\u00e9culaire lorsqu\u2019elle est utilis\u00e9e avec des anticorps fluorescents.<\/p>\n

Ces anticorps sp\u00e9cifiques se lient \u00e0 des prot\u00e9ines sur ou dans des cellules cibles et aident \u00e0 renseigner les chercheurs sur des caract\u00e9ristiques sp\u00e9cifiques des cellules \u00e9tudi\u00e9es dans le cytom\u00e8tre. La CMF fait partie int\u00e9grante de la technologie de la prot\u00e9omique et de la g\u00e9nomique. Elle a de vastes applications en m\u00e9decine (en particulier pour les transplantations, en h\u00e9matologie, en oncologie, en immunologie, en chimioth\u00e9rapie et en g\u00e9n\u00e9tique). En biologie marine, la CMF permet d\u2019exploiter les propri\u00e9t\u00e9s autofluorescentes du plancton photosynth\u00e9tique pour d\u00e9terminer l\u2019abondance et la structure des communaut\u00e9s. En ing\u00e9nierie des prot\u00e9ines, la CMF est utilis\u00e9e conjointement avec le \u00ab yeast display \u00bb et le \u00ab bacterial display \u00bb pour identifier les variantes prot\u00e9iques \u00e0 la surface des cellules qui poss\u00e8dent les propri\u00e9t\u00e9s souhait\u00e9es.<\/p>\n

La CMF peut produire des ensembles de donn\u00e9es complexes tant en nombre de param\u00e8tres mesur\u00e9s pour chacune des cellules (plus de 20) qu\u2019en nombre de cellules analys\u00e9es par exp\u00e9rience (des millions). Pour cette raison, la quantit\u00e9 de donn\u00e9es produites est \u00e9norme (de gigaoctets \u00e0 t\u00e9raoctets), et l\u2019analyse est complexe et tr\u00e8s longue \u00e0 r\u00e9aliser. Malheureusement, le d\u00e9veloppement des outils bioinformatiques qui peuvent servir \u00e0 l\u2019analyse en CMF a pris du retard par rapport \u00e0 d\u2019autres plateformes comme le s\u00e9quen\u00e7age, la spectrophotom\u00e9trie de masse des \u00ab arrays \u00bb, etc. Le pr\u00e9sent projet vise \u00e0 cr\u00e9er de nouveaux outils capables de tirer profit de la haute dimensionnalit\u00e9 des donn\u00e9es de la CMF \u00e0 haut d\u00e9bit et de combiner le r\u00e9sultat \u00e0 la g\u00e9nomique et \u00e0 la prot\u00e9omique. Les m\u00e9thodes propos\u00e9es dans ce contexte r\u00e9volutionneront les outils commerciaux et universitaires de base actuellement utilis\u00e9s par la communaut\u00e9 scientifique. L\u2019int\u00e9gration des donn\u00e9es de la CMF \u00e0 haut d\u00e9bit, de la g\u00e9nomique et de la prot\u00e9omique permettra de mieux comprendre le comportement sp\u00e9cifique des cellules immunitaires.<\/p>\n

Les liens fonctionnels observ\u00e9s feront acqu\u00e9rir de nouvelles connaissances qui permettront d\u2019\u00e9lucider des m\u00e9canismes de maladie, de pr\u00e9dire des r\u00e9sultats th\u00e9rapeutiques et de vaccins, et de d\u00e9velopper la m\u00e9decine personnalis\u00e9e. Pour ce faire:<\/p>\n

    \n
  1. nous cr\u00e9erons une application d\u2019analyse en flux \u00e0 haut d\u00e9bit pour \u00e9liminer le travail manuel excessif li\u00e9 aux m\u00e9thodes d\u2019analyse bidimensionnelle actuelles et offrir des m\u00e9thodes d\u2019analyse statistiques solides et objectives qui exploiteront la nature multiparam\u00e9trique des donn\u00e9es de la CMF \u00e0 haut d\u00e9bit, \u00e0 l\u2019aide de techniques d\u2019analyse multidimensionnelles v\u00e9ritable.<\/li>\n
  2. Nous \u00e9laborerons une application \u00e0 haut d\u00e9bit de production de r\u00e9sultats pour cr\u00e9er des visualisations novatrices des donn\u00e9es trait\u00e9es par l\u2019application d\u2019analyse en flux \u00e0 haut d\u00e9bit et int\u00e9grer les r\u00e9sultats \u00e0 d\u2019autres annotations scientifiques publiques et des donn\u00e9es fonctionnelles (g\u00e9nomique, prot\u00e9omique), \u00e0 l\u2019aide d\u2019une nouvelle visualisation des donn\u00e9es multidimensionnelles. Finalement,<\/li>\n
  3. Nous d\u00e9finirons un processus de profilage du syst\u00e8me immunitaire des patients en am\u00e9liorant la production des r\u00e9sultats des exp\u00e9riences et en pr\u00e9sentant une vue plus compl\u00e8te en g\u00e9nomique fonctionnelle des cellules qui interviennent dans le syst\u00e8me immunitaire.<\/li>\n<\/ol>\n

     <\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

    La cytom\u00e9trie en flux (CMF) est une technique de d\u00e9nombrement, d\u2019examen et de tri de particules microscopiques, habituellement des cellules, en suspension dans un flux liquide. 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