\u00c0 la fin des ann\u00e9es 1990, Google a mis \u00e0 la disposition de l\u2019utilisateur d\u2019Internet moyen un puissant moteur de recherche en offrant, pour la premi\u00e8re fois, une interface intuitive et simple \u00e9tay\u00e9e par un logiciel d\u2019analyse puissant et un d\u00e9p\u00f4t de donn\u00e9es imposant. En appliquant les prototypes de logiciels existants pour b\u00e2tir le \u00ab Google de la biologie \u00bb, un progiciel qui permet aux utilisateurs d\u2019utiliser toutes les donn\u00e9es existantes en g\u00e9nomique et en prot\u00e9omique pour r\u00e9pondre \u00e0 des questions biologiques pr\u00e9cises sur la fonction des g\u00e8nes, nous proposons de mettre la puissance de la r\u00e9volution g\u00e9nomique \u00e0 la port\u00e9e du biologiste moyen.<\/p>\n
Jusqu\u2019\u00e0 maintenant, cette r\u00e9volution a \u00e9t\u00e9 \u00e0 la fois une b\u00e9n\u00e9diction et une mal\u00e9diction. M\u00eame s\u2019il est maintenant possible de rassembler des donn\u00e9es sur tous les g\u00e8nes du g\u00e9nome, les d\u00e9p\u00f4ts publics qui stockent ces donn\u00e9es ont augment\u00e9 de fa\u00e7on exponentielle en volume et en complexit\u00e9, ce qui fait que les biologistes ont de la difficult\u00e9 \u00e0 consulter les donn\u00e9es pour les utiliser dans leurs recherches s\u2019ils ne poss\u00e8dent pas d\u2019expertise statistique et computationnelle perfectionn\u00e9e. C\u2019est l\u00e0 une occasion perdue, car les analyses computationnelles nous ont montr\u00e9 que ces donn\u00e9es peuvent rec\u00e9ler d\u2019importants aper\u00e7us du fonctionnement des cellules et des d\u00e9faillances des syst\u00e8mes biologiques dans les maladies. Comme peu de biologistes poss\u00e8dent l\u2019expertise d\u2019analyse n\u00e9cessaire, il faut mettre \u00e0 leur disposition des outils efficaces pour consulter ces ressources et \u00e9viter ainsi que des chercheurs ne r\u00e9p\u00e8tent des efforts d\u00e9j\u00e0 d\u00e9ploy\u00e9s par d\u2019autres, ce qui ajoute beaucoup aux investissements internationaux d\u00e9j\u00e0 consid\u00e9rables dans les donn\u00e9es en g\u00e9nomique et en prot\u00e9omique.<\/p>\n
Nous proposons de b\u00e2tir un progiciel qui aidera \u00e0 aplanir deux obstacles qui nuisent aux progr\u00e8s de la recherche en g\u00e9nomique et en prot\u00e9omique : i) le biologiste moyen ne peut pas participer \u00e0 la technologie de pointe en g\u00e9nomique et en tire rarement profit, et ii) la collecte et l\u2019analyse d\u2019ensemble de donn\u00e9es pang\u00e9nomiques sont co\u00fbteuses et \u00e9nergivores. \u00c9tonnamment, des solutions semblables pourraient r\u00e9soudre ces deux probl\u00e8mes. Pour le biologiste moyen, nous voulons cr\u00e9er un site Web convivial o\u00f9 il pourra faire des pr\u00e9dictions sur la fonction des g\u00e8nes en utilisant toutes les donn\u00e9es disponibles en g\u00e9nomique et en prot\u00e9omique. Pour le chercheur en g\u00e9nomique fonctionnelle, nous cr\u00e9erons un syst\u00e8me d\u2019appui aux d\u00e9cisions qui permettra d\u2019\u00e9valuer diff\u00e9rentes strat\u00e9gies de collecte de donn\u00e9es en comparant la qualit\u00e9 des donn\u00e9es et le contenu nouveau en information des donn\u00e9es pr\u00e9liminaires avec des donn\u00e9es publi\u00e9es sur la g\u00e9nomique, la prot\u00e9omique et la fonction des g\u00e8nes. Ces deux outils sont bas\u00e9s sur la m\u00eame architecture logicielle sous-jacente et nous la mettrons gratuitement \u00e0 la disposition des chercheurs dans Internet. Pour nous assurer que nos progiciels sont les plus utiles \u00e0 une communaut\u00e9 diversifi\u00e9e d\u2019utilisateurs en biologie, nous \u00e9laborerons et diffuserons de nombreuses ressources de formation des utilisateurs. Notre site Web et le syst\u00e8me de soutien aux d\u00e9cisions seront \u00e9tay\u00e9s par un d\u00e9p\u00f4t de donn\u00e9es en g\u00e9nomique et en prot\u00e9omique qui seront automatiquement collig\u00e9es et tenues \u00e0 jour par une s\u00e9rie d\u2019agents logiciels explorateurs Web que nous mettrons au point. Les deux outils b\u00e9n\u00e9ficieront \u00e9galement de l\u2019interface perfectionn\u00e9e de visualisation en r\u00e9seau qui aidera les utilisateurs \u00e0 interroger les donn\u00e9es et comprendre les r\u00e9sultats de leurs recherches.<\/p>\n
Pour b\u00e2tir cette technologie habilitante, nous demandons du financement pour les programmeurs qui d\u00e9velopperont ces outils, un sp\u00e9cialiste en formation qui r\u00e9digera des ressources p\u00e9dagogiques et des serveurs qui prendront en charge notre service Web. Gr\u00e2ce au \u00ab Google de la biologie \u00bb, nous augmentons la valeur des donn\u00e9es en g\u00e9nomique et en prot\u00e9omique en les rendant accessibles \u00e0 toute la communaut\u00e9 des chercheurs en biologie. Il faudra deux ans pour b\u00e2tir et mettre \u00e0 l\u2019essai notre progiciel, mais une fois b\u00e2ti, notre site Web se mettra \u00e0 jour automatiquement et notre syst\u00e8me de soutien aux d\u00e9cisions n\u00e9cessitera peu d\u2019entretien, de sorte que les avantages de nos travaux perdureront pendant de nombreuses ann\u00e9es.<\/p>\n
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