Résultat

Les tumeurs sont des mélanges complexes de cellules cancéreuses, immunes et normales qui interagissent et changent durant le traitement. L’interaction des trois types de cellules peut dicter l’évolution du cancer au fil du temps, de même que la réaction ou la résistance aux traitements. Des progrès récents des technologies de séquençage microfluidique et de séquençage de l’ADN ont permis aux chercheurs d’analyser simultanément des dizaines de milliers de cellules individuelles provenant de tissus complexes, y compris des tumeurs. L’interprétation de ces données est difficile en raison du manque d’ensembles de références de haute qualité pour chaque type de cellule dans le corps et l’absence de méthodes pour relier ces données à la biologie des tumeurs.

Trevor Pugh, Ph. D., du Princess Margaret Cancer Centre et Michael Brudno, Ph. D., de l’Hospital for Sick Children mettent au point la trousse d’outils d’expression des cellules du cancer à l’échelle de la cellule unique (CReSCENT), un ensemble évolutif et normalisé de méthodes algorithmiques, d’outils et de portail de données nouveaux mis au point dans une infrastructure nuagique. Pour comparer les cellules dans des tissus cancéreux et sains, le système regroupera les données génomiques d’une cellule unique, produites par des chercheurs spécialistes du cancer, et les reliera à des données de référence internationales produites par des experts de partout dans le monde dans le cadre de l’atlas des cellules humaines. Ce système de partage et de regroupement des données est un facteur clé de différenciation de CReSCENT qui augmentera la productivité des chercheurs en accélérant l’exécution et la comparaison des méthodes informatiques, tout en fournissant des données contextuelles qui faciliteront la compréhension du comportement des cellules dans des tissus tumoraux.

Cette plateforme, que tout chercheur sur n’importe quelle plateforme informatique pourra utiliser, constituera une ressource de données cruciale pour la prochaine vague de recherches en génomique du cancer à l’échelle de la cellule unique. CReSCENT regroupera des chercheurs d’un large éventail de domaines scientifiques et types de maladies et accroîtra l’impact des données produites d’un programme de recherche à l’autre. À long terme, ce système ouvrira la voie à de nouveaux diagnostics à l’échelle d’une cellule unique et la découverte de nouvelles stratégies pharmaceutique pour améliorer les soins de santé.