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Séquençage de l’ADNe pour la surveillance en temps quasi réel de la biodiversité
Résultat
Statut
Concurrence
Centre(s) de génomique
Chef(s) de projet
- Jori Harrison (Innotech Alberta) et Tyler Cobb (University of Alberta),
Lancement du projet d'exercice financier
Financement total
Description du projet
L’ADN environnemental (ADNe) est le matériel génétique que les organismes laissent derrière eux dans leur environnement, notamment dans l’eau, le sol et l’air.
Les écosystèmes naturels du Canada sont confrontés à des menaces croissantes liées aux changements climatiques, à l’utilisation des terres et à l’extraction des ressources. Afin de garantir une prise de décision efficace pour protéger, préserver et restaurer les écosystèmes, il est essentiel de disposer de renseignements fiables et actualisés sur la répartition des espèces, la composition des communautés et la présence d’espèces envahissantes et rares.
Ce projet transpose la technologie de surveillance de l’ADNe du laboratoire au terrain, en exploitant la puissance de l’ADNe, qui offre un moyen plus rapide et moins coûteux de surveiller les espèces que les approches traditionnelles.
L’équipe utilisera un laboratoire portable (BentoLab) et un séquenceur d’ADN portable (MinION) pour élaborer et optimiser un protocole permettant d’isoler et de séquencer l’ADNe sur le terrain ou dans un camp de base. Cette analyse en temps quasi réel donne aux décideurs et aux équipes de terrain la flexibilité nécessaire pour adapter leur approche, par exemple en effectuant des prélèvements plus intensifs dans des zones particulières où des espèces menacées ont été détectées, ou en prenant des mesures de gestion là où des espèces envahissantes ont été repérées, sans avoir à organiser et à financer le redéploiement d’une équipe sur le site ultérieurement.
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- Afin de garantir que cette technique fournit des données fiables et de haute qualité, ce projet s’appuiera sur les programmes de terrain existants menés par l’ABMI et Canards Illimités pour tester et valider la méthode. Les données recueillies grâce à cette méthode de séquençage de l’ADNe seront comparées à la fois aux données conventionnelles recueillies lors de ces études et à des analyses moléculaires utilisant des protocoles de laboratoire standard. Après validation, ces protocoles seront approfondis pour devenir des protocoles opérationnels normalisés et des outils logiciels pouvant être largement utilisés avec une formation limitée.
- L’équipe du projet partagera des documents d’engagement et des rapports techniques à l’intention du public et organisera des ateliers afin de renforcer les capacités en génomique environnementale en Alberta.