Résultat

L’ADN et ARN environnemental (ADNe) est le matériel génétique que les organismes laissent derrière eux dans leur environnement, notamment dans l’eau, le sol et l’air.

Les agents pathogènes viraux et bactériens constituent un risque permanent pour les humains et les animaux, tout comme la résistance aux antimicrobiens (RAM), qui se produit lorsque les bactéries, les virus, les champignons et les parasites évoluent pour devenir résistants aux médicaments conçus pour les tuer.  

Dans les Prairies canadiennes, région riche en agriculture, il est essentiel pour la santé et la durabilité de tous de comprendre la propagation des agents pathogènes chez les humains, les animaux et dans le reste de l’environnement, et de suivre la RAM, ce qui peut être réalisé en surveillant les gènes de résistance aux antibiotiques (GRA).

C’est là qu’intervient l’ADNe : il offre un moyen plus sensible, plus précis, moins coûteux et plus rapide de surveiller les systèmes biologiques à la recherche d’agents pathogènes et de GRA. Grâce à la métagénomique (analyse des génomes combinés de plusieurs organismes dans un échantillon), nous pouvons désormais identifier les agents pathogènes et les GRA dans des échantillons provenant des eaux usées, de la production animale et des milieux naturels.

Afin de maximiser l’incidence des technologies d’ADNe, ce projet contribuera à garantir leur rentabilité et leur facilité de mise en œuvre pour les laboratoires de santé publique et animale, tant à l’échelle provinciale que nationale.

Le projet « Une seule santé », dirigé par Andrew Cameron (University of Regina) et Tony Ruzzini (University of Saskatchewan), permettra de détecter la présence d’agents pathogènes humains et animaux, tout en surveillant la présence de RAM dans l’environnement. L’équipe se penchera sur des questions techniques et opérationnelles telles que : Où se situent les goulots d’étranglement dans l’échantillonnage, l’extraction, le séquençage et le traitement des données? Quelles sont les limites de détection des espèces et des variantes rares? Et que se passe-t-il à l’interface entre les environnements agricoles, urbains et naturels ? 

Le projet permettra : 

• De faire progresser les solutions génomiques de pointe : la métagénomique par enrichissement ciblé de l’ADN (capture par sonde) améliore la manière dont nous effectuons le diagnostic et la surveillance des maladies infectieuses.
  Cette « capture de séquences » combine les avantages métagénomiques de la détection, du génotypage et du séquençage du génome des agents pathogènes avec une sensibilité améliorée et un traitement accéléré des données par rapport aux approches tronquées. L’équipe du projet a mis au point des technologies de capture de séquences pour détecter les agents pathogènes et de la résistance aux antibiotiques chez le bétail dans les échantillons d’eau et les eaux usées et en effectuer le génotypage, et pour diagnostiquer les infections chez les humains et les animaux. L’une des principales fonctions de ce projet sera d’établir et de valider l’opérabilité et les normes en matière d’ADNe et de génomique pour tous les partenaires et tous les secteurs dans les Prairies et dans l’ensemble du Canada.
• De déployer des techniques de surveillance métagénomique dans les systèmes de traitement des eaux usées, de traitement de l’eau et de production animale dans les Prairies, afin d’accélérer l’adoption à long terme de la métagénomique pour la surveillance de l’ADNe.

Tony Ruzzini (University of Saskatchewan) et Andrew Cameron (University of Regina)