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Trousse complète d’outils d’analyse et navigateur génomique à haut rendement pour une caractérisation rapide, fiable et approfondie des génomes bactériens

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Résultat

Statut

Actif

Concurrence

Concours 2017 en bio-informatique et en génématique

Centre(s) de génomique

GE3LS

Non

Chef(s) de projet

Lancement du projet d'exercice financier

2000-2001

Description du projet

Le séquençage de l’ADN est devenu plus facile et moins coûteux, ce qui mène à l’expansion rapide des bases de données génomiques et à une meilleure compréhension de la vie en général. Pourtant, même si la séquence d’un génome donne des indices importants sur l’histoire et les caractéristiques d’un organisme, les données produites par les technologies actuelles de séquençage ne viennent pas dans une forme facile à interpréter. Les résultats sont souvent produits en petits fragments, un peu comme les mots ou les expressions qui forment une recette ou description plus significative, mais confuse. De plus, les définitions d’un grand nombre de mots et d’expressions que l’on trouve dans l’information sur les séquences d’ADN souvent ne sont pas claires. Les génomes, comme les recettes, sont plus faciles à comprendre s’ils sont écrits dans un langage familier, présentés dans un ordre logique et accompagnés d’images utiles.

De nombreux chercheurs ont aujourd’hui de la difficulté à traiter leurs données de séquençage en une forme qui convient à leurs applications de recherche et se tournent vers les bio-informaticiens pour trouver de l’aide. Ce recours à d’autres est toutefois inefficace, en particulier dans le domaine de la génomique microbienne pour lequel il existe peu de bio-informaticiens chevronnés.

Paul Stothard, Ph. D., de l’Université de l’Alberta et Gary Van Domselaar, Ph. D., de l’Agence de la santé publique du Canada supervisent la mise au point de Proksee, un système logiciel grâce auquel les chercheurs pourront convertir les données brutes de séquençage de bactéries en assemblages pangénomiques de haute qualité, hautement décrits et faciles à interpréter (autrement dit, des recettes de la vie microbienne). Ces ressources d’analyse puissantes seront gratuitement mises à la disposition de tous les chercheurs, y compris ceux qui travaillent dans des petites entreprises canadiennes sans l’expertise ou les ressources pour transformer en un format utilisable les données brutes de séquençage.

En aidant la communauté scientifique canadienne à transformer l’information des séquences d’ADN en nouvelles connaissances sur la biologie d’importantes espèces bactériennes, la plateforme perfectionnée et conviviale Proksee appuiera des découvertes scientifiques et des innovations dans divers domaines, dont la création d’aliments plus sûrs et plus sains, de nouvelles techniques de lutte contre la pollution et de nouvelles méthodes de fabrication de produits importants.

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