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Sommet canadien de la génomique 2025

5-6 février 2025 | Ottawa

Le tout premier Sommet canadien de la génomique a permis de réunir les membres de la communauté canadienne de la génomique afin de célébrer les impacts des travaux réalisés dans l’ensemble de l’Entreprise canadienne de la génomique pendant ses 25 ans d’existence et de franchir une nouvelle étape en tant que communauté en annonçant la Stratégie canadienne pour la génomique.

Dans l’ensemble des secteurs et des régions, la communauté canadienne de la génomique trouve les solutions dont le Canada a besoin pour transformer les défis qui se présentent à elle en occasions des plus prometteuses. Des occasions de faire des percées remarquables dans le domaine des soins de santé. Des occasions d’accroître la résilience de nos systèmes agricole et alimentaire et de freiner la perte de biodiversité. Des occasions d’assurer une gestion durable des ressources naturelles prospères et d’accroître la productivité dans tous les secteurs.

Nous sommes fiers d’avoir réussi à réunir plus de 200 personnes de l’ensemble de la communauté dans le cadre du Sommet afin de pouvoir bâtir sur le travail que nous avons déjà accompli et de tracer un avenir encore plus audacieux pour le Canada. Ensemble, nous pourrons relever des défis encore plus grands que par le passé, en concrétisant les ambitions énoncées dans la nouvelle Stratégie canadienne pour la génomique et en continuant de redéfinir les frontières de ce qu’il est possible de réaliser lorsqu’il est question d’innovations génomiques.

Nous remercions le commanditaire du Sommet,

Le milieu canadien de la génomique : une communauté bâtie pour relever de grands défis

« Le travail accompli est de nature holistique; c’est un cercle de médecine. Il nous permet de constater que tous les éléments sont liés entre eux. Vous formez une communauté de gardiens du savoir et de leaders en matière d’excellence. »

L’Aînée Claudette Commanda,
à l’ouverture du Sommet canadien de la génomique

Lors du Sommet

Annonce des lauréats des Prix Impacts de la génomique 2025, qui soulignent l’excellence pour l’ensemble des réalisations, l’impact social, la collaboration de l’industrie et un début de carrière exceptionnel
Voir les prix et distinctions

Séances tenues lors du Sommet

Comme on a pu le constater pendant les séances du Sommet, les travaux des 25 dernières années ont permis de jeter les bases requises pour créer une technologie, un secteur et une communauté prêts à tirer profit du potentiel qu’offre la révolution biologique.

Stimuler la croissance
La commercialisation et l’adoption

Points saillants

Mesurer l’incidence des soins de santé de précision
La mise en place d’un écosystème de données et l’IA

Points saillants

Cultiver la résilience canadienne
Les innovations agricoles et environnementales

Points saillants

Définir l’avenir à l’échelle régionale
Le modèle d’entreprise unique du Canada sur les répercussions de la génomique

Points saillants

Séances tenues lors du Sommet

Stimuler la croissance

« C’est une question de savoir ce que nous pouvons faire de mieux pour nous entraider et en quoi cela changera le cours des choses en fin de compte pour le Canada, mais aussi pour notre planète et pour notre monde. »

Cate McCready
Vice-présidente aux affaires extérieures, BIOTECanada

La nouvelle Stratégie canadienne pour la génomique privilégie les progrès sur le plan de la commercialisation et de l’adoption de la génomique. Le premier groupe d’experts du Jour 2 du Sommet s’est penché sur ce sujet très important et s’est demandé comment faire pour faire tomber les obstacles à la croissance dans le secteur.

Bon nombre des obstacles ne sont pas nouveaux; par contre, ils sont complexes dans bien des cas. Certains obstacles sont ancrés dans la culture universitaire, si bien que, comme l’a mentionné Nancy Tout du Global Institute for Food Security de l’Université de la Saskatchewan, « parler de commercialisation devient parfois un sujet tabou ». Tiago Hori, directeur de l’innovation, Atlantic Aqua Farms, croit que le milieu universitaire et les bailleurs de fonds doivent « s’habituer à l’idée de financer des activités plus ennuyeuses ».

Il affirme que « les gens s’imaginent que tout ce qui touche à l’innovation est captivant, mais ce n’est pas le cas; il y a une partie du processus qui est ennuyeux, comme la reproductibilité, les usages, la vérification du RCI et l’obligation de s’assurer que tout tient la route ». Ce sont les bases qui sont requises pour garantir un succès durable et pour générer des impacts tangibles, pourtant « ces éléments ne disposent pas tous d’un financement adéquat ».

D’autres obstacles découlent de régimes de réglementation. Trevor Charles, professeur à l’Université de Waterloo, indique que « nous disposons d’une structure de réglementation à l’échelle mondiale qui nuit activement à l’innovation pour ce qui est de nombreux aspects de la génomique ». Supposons que le Canada réussisse à prendre une longueur d’avance en matière de réglementation, en facilitant l’innovation tout en préservant la confiance, comme nous l’avons fait avec nos lignes directrices sur l’édition génique. Dans une telle situation, nous pourrions créer de belles possibilités en offrant un « outil de navigation pour les entreprises » afin qu’elles puissent mettre leurs produits sur le marché, d’après madame Tout.

Pour Neil Aubuchon, directeur commercial d’Abcellera, d’abord et avant tout, « nous devons nous unir, sortir de notre zone de confort et aller chercher les capacités qui nous permettront d’être compétitifs sur la scène internationale ». Le Canada dispose d’un immense bassin de talents et réalise des travaux de recherche de calibre mondial, mais nous devons admettre que « nous demeurons trop souvent dans notre zone de confort et nous n’avons pas de grandes ambitions ».

Le Canada peut compter sur un secteur des sciences incroyable Il peut aussi miser sur un bassin de personnes très talentueuses. La question est de savoir si nous sommes capables de faire tomber le cloisonnement et d’exploiter le potentiel des talents et des connaissances scientifiques dont nous disposons pour générer des résultats de calibre mondial.

Neil Aubuchon
Directeur commercial, Abcellera

Quand on parle de rester dans sa zone de confort, on englobe entre autres le travail effectué en vase clos tant au pays qu’à l’échelle internationale. Madame Tout a remarqué l’existence de structures de cloisonnement dans le domaine de l’innovation partout au Canada. « En fait, l’innovation se compare à un sport d’équipe. Si nous nous retrouvons à compétitionner les uns envers les autres ici même et partout au pays, cela signifie que, pendant ce temps, nous ne pensons pas à faire concurrence au reste du monde », a-t-elle précisé.

Monsieur Aubuchon était d’accord avec elle et a insisté sur le fait que, même s’« il est important de se concentrer sur l’approche d’Équipe Canada, nous ne devons pas trop nous isoler non plus ». Nous devons regarder ce qui se fait ailleurs dans le monde, trouver des possibilités de collaboration et savoir tirer profit des talents, des données et des actifs qui se trouvent dans d’autres pays.

Monsieur Charles a observé que le manque d’inclusion est une autre entrave aux progrès. « Que pouvons-nous faire pour aller chercher tout le talent qui ne travaille pas présentement dans le secteur de la génomique ou dans tout autre secteur scientifique? » Sachant que certains facteurs systémiques présents à l’école restreignent l’accès des enfants doués au domaine de la génomique et au secteur des sciences, nous devons adopter une vision holistique pour ce qui est de l’élimination de ces obstacles en vue d’exploiter le plein potentiel de la génomique au Canada.

Séances tenues lors du Sommet

Mesurer l’incidence des soins de santé de précision

« Pour réussir à avoir une incidence dans le quotidien des patients, nous devons parvenir à faire baisser le coût de la génomique. »

Catalina Lopez-Correa
Dirigeante scientifique en chef, Génome Canada

L’une des grandes promesses de la génomique et de la révolution biologique réside dans la concrétisation des soins de santé de précision. Comme Nada Jabado, professeure à l’Université McGill, l’a clairement démontré, la génomique peut contribuer à mettre en place un système de santé moderne se caractérisant par « une diminution des coûts et de meilleurs traitements ».

Au cours des 25 dernières années, grâce aux progrès réalisés, cela s’est concrétisé pour certaines personnes, dont l’agente en chef de la Stratégie mondiale de Génome Canada, Catalina Lopez-Correa. Après avoir reçu un diagnostic de cancer en 2023, madame Lopez-Correa « a eu la chance de profiter de tous ces incroyables progrès que nous réalisons en génomique », notamment en bénéficiant d’un plan de traitement fondé sur des tests génétiques qu’elle a subis et d’autres qui ont été effectués sur sa tumeur.

Malheureusement, une situation comme la sienne constitue encore une exception et non la norme présentement pour les patients se trouvant au Canada. Comme l’a fait remarquer Laura Arbour, professeure à The University of British Columbia, bien que nous ayons transformé les diagnostics grâce au séquençage de prochaine génération, « il nous reste toujours beaucoup de travail à accomplir, car nous devons encore nous assurer que tous les patients auront la possibilité d’obtenir le même niveau de diagnostic ».

Upton Allen, chef de la division des maladies infectieuses et professeur de pédiatrie à The Hospital for Sick Children, a parlé d’un défi en trois parties. « Il est important de reconnaître la valeur du ‘code génétique’, mais, à l’autre bout du spectre, il faut composer avec le ‘code postal’ qui décrit la composante socio-démographique de la situation. Au centre, se trouvent les caractéristiques cliniques; il faut réussir à regrouper les trois parties ensemble. » Les écarts d’un code postal à l’autre ont encore une trop grande incidence dans la définition des résultats pour la santé, selon madame Lopez-Correa, qui fait remarquer le « défi de taille venant avec la variabilité entre les provinces » lorsqu’il est question de l’accès aux tests et aux traitements.

« Nous devons nous assurer que les patients et les communautés font confiance au système pour qu’ils nous autorisent à recueillir leurs données. »

Upton Allen
Chef de la division des maladies infectieuses, directeur par intérim du Transplant and Regenerative Medicine Centre et professeur de pédiatrie à The Hospital for Sick Children

Par ailleurs, les données freinent encore l’élargissement de l’accès aux soins de santé de précision. Cela demande entre autres de recueillir des données génomiques et d’établir des liens entre ces données ainsi que les données cliniques et d’autres données. En ce qui a trait à nos données de génomique, madame Lopez-Correa a fait savoir que devons « de toute urgence » miser sur la diversité. Nous ne disposons pas de génomes de personnes d’origine asiatique, africaine, noire et latine.

Madame Arbour a également insisté sur l’importance que revêt la souveraineté des données autochtones dans le cadre de projets en cours tels que la Bibliothèque génomique pancanadienne et la Bibliothèque des variantes liées à l’ascendance autochtone qui comprennent de telles données. « Il est primordial que nous accordions aux peuples autochtones le droit de gouverner leurs données et de comprendre où se trouvent leurs données, de quelle façon elles sont utilisées et à quel endroit elles sont envoyées. »

Il sera essentiel de se préparer à la tâche ardue qui consistera à offrir, réellement, des soins de santé de précision à tous. Madame Jabado a fait valoir que « les gens doivent comprendre que tout cela ne se fera pas en un clin d’œil. La génomique, même s’il s’agit d’un outil incroyable, ne peut pas offrir de réponses miraculeuses. Ce peut être le cas parfois, mais, dans bien des cas, il faut s’attendre à ce que ce soit plus long. »

Il est primordial d’aller chercher un financement continu, de mobiliser le grand public et de faciliter un accès équitable en éliminant la variabilité entre les provinces et en travaillant d’arrache-pied pour garantir une équité dans les données de génomique et la souveraineté des données autochtones; pour réussir à faire tout cela, il faudra établir une collaboration étroite et durable. En tant qu’animateur du groupe d’experts, Paul Hébert, président des IRSC, a déclaré : « Notre avenir dépendra de la manière dont nous travaillerons ensemble. »

En savoir plus

Lancée en mars 2025, l’Initiative canadienne de soins de santé de précision procédera au séquençage de plus de 100 000 génomes humains qui seront le reflet de la diversité de la population canadienne et qui stimuleront l’élaboration de solutions dans le domaine de la médecine de précision

Séances tenues lors du Sommet

Cultiver la résilience canadienne : rebondir et se surpasser

« La résilience fait référence à la capacité de rebondir et de se surpasser; la génomique nous aidera à relever bon nombre des défis auxquels nous sommes confrontés. »

Cami Ryan,
présidente du CCSI, Génome Canada, et associée principale, Affaires industrielles et durabilité, Bayer CropScience Canada

« Nous avons toutes les pièces du casse-tête et nous disposons de tous les bons ingrédients. Cependant, nous ne cherchons pas à mettre les pièces à leur place pour que tout fonctionne. C’est vraiment à cet égard que, selon moi, Génome Canada peut jouer un rôle majeur, soit en coordonnant et en réunissant tous les efforts, dès le début et jusqu’à la fin. »

Nancy Tout
Présidente, comité consultatif scientifique international, Global Institute for Food Security, Université de la Saskatchewan

Alors que les soins de santé de précision représentent l’un des principaux domaines profitant des impacts de la génomique, il faut mentionner un autre domaine, qui est le renforcement de notre résilience. Comme l’a souligné Dana McCauley, directrice générale du Réseau canadien d’innovation en alimentation, la génomique joue un rôle « fondamental » quand on souhaite « examiner l’environnement, la biodiversité, les systèmes alimentaires et les disponibilités alimentaires ».

Garantir la résilience des écosystèmes naturels et des systèmes agricoles partout au Canada et à l’échelle mondiale fait partie des principaux usages que l’on fait de la génomique. Par ailleurs, nous ressentons déjà de véritables impacts dans ce domaine.

Le secteur de l’agriculture a longtemps été à l’avant-garde de la vision scientifique que nous avions de la génétique. C’est également dans ce secteur qu’il a été le plus facile d’appliquer les connaissances acquises. Nous pouvons remonter jusqu’à la reproduction sélective de pratiquement toutes les espèces de plantes et d’animaux que nous retrouvons dans notre assiette de nos jours. Toutefois, comme l’a souligné Christine Baes, professeure et doyenne associée par intérim à l’Université de Guelph, le niveau de connaissances en génomique que nous avons de nos jours vient changer la donne. « Il y a 25 ans, nous concentrions nos efforts presque exclusivement sur les caractères de production, soit des aspects comme la production de lait des vaches ou le rendement en viande de poitrine des volailles; de nos jours, nous pouvons améliorer la santé et le bien-être de notre bétail dans une mesure inimaginable », notamment en sélectionnant des caractères de résilience, comme la tolérance à la chaleur du bétail.

Il en va de même pour la façon dont nous abordons la question de la protection de la biodiversité de nos écosystèmes naturels. Loren Rieseberg, professeure à The University of British Columbia, a souligné que, « quand on prévoit dépenser beaucoup d’argent pour protéger certaines espèces ou communautés écologiques, il est très important de savoir ce qui se passe réellement à ce niveau ». C’est ce que la génomique nous permet de faire, car nous sommes en mesure d’atteindre un niveau d’analyse et de précision qui était jusqu’alors inconnu. Madame Rieseberg a fait référence aux travaux sur les populations de varechs réalisés à Puget Sound. Même si l’on avait avancé que le réchauffement et d’autres facteurs environnementaux étaient responsables des difficultés éprouvées par ces populations, les tests génomiques ont relevé un manque sous-jacent de diversité génomique. Cette découverte a permis d’établir que l’on pouvait intégrer des varechs de populations environnantes pour accroître cette diversité et rendre la plante plus résiliente.

« Non seulement les approches génomiques peuvent-elles permettre de cibler les populations mésadaptées et les risques particuliers auxquels ces dernières sont confrontées, mais elles peuvent également proposer des solutions. »

Loren Rieseberg
Professeure, The University of British Columbia

L’un des principaux facteurs expliquant l’impact de plus en plus grand de la génomique est la forte baisse des coûts dans ce domaine. Michael Lohuis, vice-président de la recherche et de l’innovation de Semex Alliance, parle de l’invention de la puce SNP comme de la plus grande réalisation des 25 dernières années. Les polymorphismes mononucléotidiques (SNP) jouent un rôle clé au moment de comprendre la prédisposition aux maladies. Le fait de constater qu’il est possible d’aller chercher jusqu’à 100 000 données simples à partir d’une seule puce SNP qui coûte entre 20 et 25 dollars a permis de « démocratiser la sélection génomique ».

Il reste pourtant d’autres obstacles à surmonter pour ce qui est de l’adoption et de l’utilisation à grande échelle, surtout si l’usage prioritaire est la résilience. Comme l’a indiqué monsieur Lohuis, si l’on tente de convaincre un éleveur de bovins de sélectionner ses bêtes en pensant à la réduction des émissions de méthane, il pourrait répondre : « D’accord, euh, c’est probablement la bonne chose à faire, mais pourquoi devrais-je le faire? Cela ne m’aide pas. » Monsieur Lohuis soutient qu’« il doit également y avoir une valeur commerciale ». On se doit d’étayer cet argument. Par exemple, il faut une collaboration d’un bout à l’autre de la chaîne d’approvisionnement, disons avec des transformateurs laitiers et des détaillants de produits laitiers souhaitant réduire la portée de leurs émissions, afin de s’assurer que les éleveurs ont la motivation qu’il faut pour se lancer dans ce processus.

Les différentes approches appliquées pour la propriété intellectuelle peuvent aussi représenter un obstacle au processus d’adoption au sein de l’industrie et dans la communauté universitaire. Madame Rieseberg indique que, d’après sa propre expérience, certains secteurs agricoles « ont une opinion beaucoup plus nuancée de la PI qui s’avère utile et de celle qui ne l’est pas »; par conséquent, ils sont davantage motivés à s’engager dans une collaboration préconcurrentielle que d’autres ne le seraient.

La PI peut également poser problème lorsque l’industrie travaille en collaboration avec des universités. Tandis que certaines universités « comprennent très bien la nécessité de protéger la PI, sont très raisonnables quant à la valeur de cette même PI et savent combien coûte réellement le processus de commercialisation », a signalé monsieur Lohuis, d’autres « ont adopté une approche très naïve relativement à la valeur des choses et ne réfléchissent pas au coût de la mise en marché; c’est à cette étape qu’échoue la commercialisation de la plupart des produits ».

Malgré ces défis, les membres du groupe d’experts s’entendaient pour dire qu’il serait possible de miser sur la génomique pour favoriser la résilience du Canada. Depuis qu’il a quitté les États-Unis pour revenir au Canada il y a huit ans, monsieur Lohuis constate que « le milieu de la recherche a réalisé un travail incroyable pour ce qui est de soutenir non seulement les universités, mais aussi l’industrie ». Grâce aux nouveaux fonds versés par le gouvernement fédéral dans le cadre de la Stratégie canadienne pour la génomique, auxquels s’ajoutent les progrès dans des domaines adjacents, comme l’apprentissage machine, nous pouvons affirmer que les perspectives sont prometteuses en ce qui a trait au renforcement de notre résilience.

« Nous observons beaucoup de choses qui nous emballent, et il y a tellement de possibilités qui s’offrent à nous maintenant. Les répercussions et les résultats de l’intégration des technologies d’intelligence artificielle et d’apprentissage machine seront incroyables. Ce sera fantastique de voir ce qui se passera dans le secteur de l’agriculture de précision. Le domaine de la microbiomique sera également des plus impressionnants, mais rien de tout cela ne pourra générer de résultats fantastiques si nous ne pouvons compter sur des personnes bien formées et capables d’intégrer les données pour les mettre en application. »

Christine Baes
Professeure et doyenne associée par intérim des relations extérieures | Collège d’agriculture de l’Ontario, Université de Guelph

Séances tenues lors du Sommet

Définir l’avenir à l’échelle régionale

« En réalité, ce sont les tiraillements entre les régions et entre le gouvernement fédéral et ces mêmes priorités régionales qui nous permettent d’avoir une véritable approche nationale. »

Rob Annan
Président et chef de la direction, Génome Canada

La présence d’établissements régionaux et la diversité de la communauté canadienne de la génomique en font un secteur unique si l’on fait une comparaison avec tous les autres secteurs ou avec les nouvelles technologies au Canada. Rob Annan de Génome Canada a observé que, même si toutes les organisations ont été « créées en même temps et dans des conditions très semblables, au cours des 25 dernières années, on a constaté un processus d’adaptation aux diverses conditions locales; ainsi, chaque centre a une couleur qui lui est propre ». Selon monsieur Annan, cette diversité « finit par s’additionner, un peu comme on peut observer au Canada », et devient une entité qui est supérieure à la somme de ses parties.

Depuis l’an 2000, cette évolution a tenu compte des besoins des différentes régions du Canada et des possibilités qui s’offraient dans chacune d’entre elles. Nous pouvons observer ce même phénomène dans tout l’éventail de programmes offerts par les centres de génomique régionaux.

En Colombie-Britannique, nous avons concentré les efforts surtout sur l’accessibilité de la génomique, en particulier sur les talents éventuels. De l’avis de Suzanne Gill, présidente et chef de la direction de Genome BC, le fait de permettre « un accès équitable pour participer à la recherche et de s’assurer que tous peuvent profiter des outils et de tout ce qui ressortira de ces travaux est probablement le principal enjeu ». Cet aspect a été pris en compte dans des programmes tels que Geneskool, qui a permis de mobiliser des milliers d’élèves partout dans la province, y compris des élèves de régions rurales et éloignées et des élèves autochtones, depuis son lancement en 2006. « Cet outil nous a été très utile pour aborder la prochaine génération de scientifiques; nous pouvons même compter sur la présence d’anciens participants qui enseignent à la prochaine génération », a ajouté madame Gill.

D’autres provinces se sont penchées sur des questions précises, notamment ce qu’il faut faire pour sortir la génomique du laboratoire et la mettre en pratique dans le monde réel. Josette-Renée Landry, présidente-directrice générale de Génome Québec, a parlé du Programme d’intégration de la génomique qui a financé plus de 75 projets de validation de principe dans l’ensemble de la province « aidant les entreprises et les utilisateurs finaux à intégrer la génomique à un large éventail d’applications différentes dans divers secteurs ».

Dans l’ensemble des provinces, on estime qu’il est prioritaire d’accélérer le rythme de la recherche sur la génomique et de l’adoption de cette science. En tant que président et chef de la direction de Genome Prairie, Mike Cey a déclaré qu’« il n’est pas possible de prendre de raccourci dans le domaine de la biologie, mais cela ne veut pas dire qu’il n’est pas possible d’atteindre les objectifs visés plus rapidement ».

L’atténuation des obstacles se présente sous plusieurs formes à l’échelle du pays. Steve Armstrong, président et chef de la direction de Genome Atlantic, a mentionné le travail accompli pour s’attaquer au « défi relatif au manque de connaissances en génomique » du côté des responsables de l’élaboration des politiques et du grand public dans la région en mettant en place un éventail d’approches, notamment la participation hâtive des organes de réglementation aux projets et la co-création de projets avec des organisations « qui, autrement, ne se serviraient pas de technologies de génomique », afin de créer l’espace requis pour les travaux novateurs.

Parallèlement, le président et chef de la direction de Genome Alberta, David Bailey, a parlé de l’ampleur de la tâche consistant à « créer le bassin de talents qui permettra d’analyser les énormes ensembles de données » de génomique qui sont en voie d’être produits. Les possibilités qui s’offrent à nous sont incroyables, mais « disposons-nous du personnel dont nous avons besoin pour y parvenir? »

La nouvelle Stratégie canadienne pour la génomique ouvre la voie à la prochaine génération d’impacts dans le domaine. Nous pouvons affirmer que le potentiel est immense. Le chef de la direction par intérim d’Ontario Genomics, Stephen Cummings, a soutenu que « nous disposons d’une superbe occasion au Canada de faire la promotion de ce travail de recherche et de contribuer au PIB ». La prochaine étape consistera à définir la voie du succès.

L’« éventail de possibilités » qui s’offre au secteur canadien de la génomique continue de croître chaque jour, d’après ce qu’a avancé monsieur Armstrong, mais le plus important est de déterminer « de quelle façon nous allons évoluer pour pouvoir générer des impacts encore plus grands ». À son avis, « si, dans 25 ans, nous sommes toujours en train d’organiser des activités de sensibilisation dans notre secteur et que nous sommes encore le premier et seul bailleur de fonds canadien à faire des investissements dans le secteur privé, j’en conclurai que nous aurons échoué. Nous devons changer de modèle et en faire plus. Personnellement, je trouve qu’il est encore plus palpitant de s’imaginer comment notre modèle d’affaires doit évoluer. »

Après avoir connu une évolution sur une période de 25 ans, la communauté canadienne de la génomique est prête à relever ce défi et à générer encore plus d’impacts tant au pays que partout dans le monde.

Séances tenues lors du Sommet

Stimuler la croissance

« C’est une question de savoir ce que nous pouvons faire de mieux pour nous entraider et en quoi cela changera le cours des choses en fin de compte pour le Canada, mais aussi pour notre planète et pour notre monde. »

Cate McCready
Vice-présidente aux affaires extérieures, BIOTECanada

La nouvelle Stratégie canadienne pour la génomique privilégie les progrès sur le plan de la commercialisation et de l’adoption de la génomique. Le premier groupe d’experts du Jour 2 du Sommet s’est penché sur ce sujet très important et s’est demandé comment faire pour faire tomber les obstacles à la croissance dans le secteur.

Bon nombre des obstacles ne sont pas nouveaux; par contre, ils sont complexes dans bien des cas. Certains obstacles sont ancrés dans la culture universitaire, si bien que, comme l’a mentionné Nancy Tout du Global Institute for Food Security de l’Université de la Saskatchewan, « parler de commercialisation devient parfois un sujet tabou ». Tiago Hori, directeur de l’innovation, Atlantic Aqua Farms, croit que le milieu universitaire et les bailleurs de fonds doivent « s’habituer à l’idée de financer des activités plus ennuyeuses ».

Il affirme que « les gens s’imaginent que tout ce qui touche à l’innovation est captivant, mais ce n’est pas le cas; il y a une partie du processus qui est ennuyeux, comme la reproductibilité, les usages, la vérification du RCI et l’obligation de s’assurer que tout tient la route ». Ce sont les bases qui sont requises pour garantir un succès durable et pour générer des impacts tangibles, pourtant « ces éléments ne disposent pas tous d’un financement adéquat ».

D’autres obstacles découlent de régimes de réglementation. Trevor Charles, professeur à l’Université de Waterloo, indique que « nous disposons d’une structure de réglementation à l’échelle mondiale qui nuit activement à l’innovation pour ce qui est de nombreux aspects de la génomique ». Supposons que le Canada réussisse à prendre une longueur d’avance en matière de réglementation, en facilitant l’innovation tout en préservant la confiance, comme nous l’avons fait avec nos lignes directrices sur l’édition génique. Dans une telle situation, nous pourrions créer de belles possibilités en offrant un « outil de navigation pour les entreprises » afin qu’elles puissent mettre leurs produits sur le marché, d’après madame Tout.

Pour Neil Aubuchon, directeur commercial d’Abcellera, d’abord et avant tout, « nous devons nous unir, sortir de notre zone de confort et aller chercher les capacités qui nous permettront d’être compétitifs sur la scène internationale ». Le Canada dispose d’un immense bassin de talents et réalise des travaux de recherche de calibre mondial, mais nous devons admettre que « nous demeurons trop souvent dans notre zone de confort et nous n’avons pas de grandes ambitions ».

Le Canada peut compter sur un secteur des sciences incroyable Il peut aussi miser sur un bassin de personnes très talentueuses. La question est de savoir si nous sommes capables de faire tomber le cloisonnement et d’exploiter le potentiel des talents et des connaissances scientifiques dont nous disposons pour générer des résultats de calibre mondial.

Neil Aubuchon
Directeur commercial, Abcellera

Quand on parle de rester dans sa zone de confort, on englobe entre autres le travail effectué en vase clos tant au pays qu’à l’échelle internationale. Madame Tout a remarqué l’existence de structures de cloisonnement dans le domaine de l’innovation partout au Canada. « En fait, l’innovation se compare à un sport d’équipe. Si nous nous retrouvons à compétitionner les uns envers les autres ici même et partout au pays, cela signifie que, pendant ce temps, nous ne pensons pas à faire concurrence au reste du monde », a-t-elle précisé.

Monsieur Aubuchon était d’accord avec elle et a insisté sur le fait que, même s’« il est important de se concentrer sur l’approche d’Équipe Canada, nous ne devons pas trop nous isoler non plus ». Nous devons regarder ce qui se fait ailleurs dans le monde, trouver des possibilités de collaboration et savoir tirer profit des talents, des données et des actifs qui se trouvent dans d’autres pays.

Monsieur Charles a observé que le manque d’inclusion est une autre entrave aux progrès. « Que pouvons-nous faire pour aller chercher tout le talent qui ne travaille pas présentement dans le secteur de la génomique ou dans tout autre secteur scientifique? » Sachant que certains facteurs systémiques présents à l’école restreignent l’accès des enfants doués au domaine de la génomique et au secteur des sciences, nous devons adopter une vision holistique pour ce qui est de l’élimination de ces obstacles en vue d’exploiter le plein potentiel de la génomique au Canada.

Séances tenues lors du Sommet

Mesurer l’incidence des soins de santé de précision

« Pour réussir à avoir une incidence dans le quotidien des patients, nous devons parvenir à faire baisser le coût de la génomique. »

Catalina Lopez-Correa
Dirigeante scientifique en chef, Génome Canada

L’une des grandes promesses de la génomique et de la révolution biologique réside dans la concrétisation des soins de santé de précision. Comme Nada Jabado, professeure à l’Université McGill, l’a clairement démontré, la génomique peut contribuer à mettre en place un système de santé moderne se caractérisant par « une diminution des coûts et de meilleurs traitements ».

Au cours des 25 dernières années, grâce aux progrès réalisés, cela s’est concrétisé pour certaines personnes, dont l’agente en chef de la Stratégie mondiale de Génome Canada, Catalina Lopez-Correa. Après avoir reçu un diagnostic de cancer en 2023, madame Lopez-Correa « a eu la chance de profiter de tous ces incroyables progrès que nous réalisons en génomique », notamment en bénéficiant d’un plan de traitement fondé sur des tests génétiques qu’elle a subis et d’autres qui ont été effectués sur sa tumeur.

Malheureusement, une situation comme la sienne constitue encore une exception et non la norme présentement pour les patients se trouvant au Canada. Comme l’a fait remarquer Laura Arbour, professeure à The University of British Columbia, bien que nous ayons transformé les diagnostics grâce au séquençage de prochaine génération, « il nous reste toujours beaucoup de travail à accomplir, car nous devons encore nous assurer que tous les patients auront la possibilité d’obtenir le même niveau de diagnostic ».

Upton Allen, chef de la division des maladies infectieuses et professeur de pédiatrie à The Hospital for Sick Children, a parlé d’un défi en trois parties. « Il est important de reconnaître la valeur du ‘code génétique’, mais, à l’autre bout du spectre, il faut composer avec le ‘code postal’ qui décrit la composante socio-démographique de la situation. Au centre, se trouvent les caractéristiques cliniques; il faut réussir à regrouper les trois parties ensemble. » Les écarts d’un code postal à l’autre ont encore une trop grande incidence dans la définition des résultats pour la santé, selon madame Lopez-Correa, qui fait remarquer le « défi de taille venant avec la variabilité entre les provinces » lorsqu’il est question de l’accès aux tests et aux traitements.

« Nous devons nous assurer que les patients et les communautés font confiance au système pour qu’ils nous autorisent à recueillir leurs données. »

Upton Allen
Chef de la division des maladies infectieuses, directeur par intérim du Transplant and Regenerative Medicine Centre et professeur de pédiatrie à The Hospital for Sick Children

Par ailleurs, les données freinent encore l’élargissement de l’accès aux soins de santé de précision. Cela demande entre autres de recueillir des données génomiques et d’établir des liens entre ces données ainsi que les données cliniques et d’autres données. En ce qui a trait à nos données de génomique, madame Lopez-Correa a fait savoir que devons « de toute urgence » miser sur la diversité. Nous ne disposons pas de génomes de personnes d’origine asiatique, africaine, noire et latine.

Madame Arbour a également insisté sur l’importance que revêt la souveraineté des données autochtones dans le cadre de projets en cours tels que la Bibliothèque génomique pancanadienne et la Bibliothèque des variantes liées à l’ascendance autochtone qui comprennent de telles données. « Il est primordial que nous accordions aux peuples autochtones le droit de gouverner leurs données et de comprendre où se trouvent leurs données, de quelle façon elles sont utilisées et à quel endroit elles sont envoyées. »

Il sera essentiel de se préparer à la tâche ardue qui consistera à offrir, réellement, des soins de santé de précision à tous. Madame Jabado a fait valoir que « les gens doivent comprendre que tout cela ne se fera pas en un clin d’œil. La génomique, même s’il s’agit d’un outil incroyable, ne peut pas offrir de réponses miraculeuses. Ce peut être le cas parfois, mais, dans bien des cas, il faut s’attendre à ce que ce soit plus long. »

Il est primordial d’aller chercher un financement continu, de mobiliser le grand public et de faciliter un accès équitable en éliminant la variabilité entre les provinces et en travaillant d’arrache-pied pour garantir une équité dans les données de génomique et la souveraineté des données autochtones; pour réussir à faire tout cela, il faudra établir une collaboration étroite et durable. En tant qu’animateur du groupe d’experts, Paul Hébert, président des IRSC, a déclaré : « Notre avenir dépendra de la manière dont nous travaillerons ensemble. »

En savoir plus

Lancée en mars 2025, l’Initiative canadienne de soins de santé de précision procédera au séquençage de plus de 100 000 génomes humains qui seront le reflet de la diversité de la population canadienne et qui stimuleront l’élaboration de solutions dans le domaine de la médecine de précision

Séances tenues lors du Sommet

Cultiver la résilience canadienne : rebondir et se surpasser

« La résilience fait référence à la capacité de rebondir et de se surpasser; la génomique nous aidera à relever bon nombre des défis auxquels nous sommes confrontés. »

Cami Ryan,
présidente du CCSI, Génome Canada, et associée principale, Affaires industrielles et durabilité, Bayer CropScience Canada

« Nous avons toutes les pièces du casse-tête et nous disposons de tous les bons ingrédients. Cependant, nous ne cherchons pas à mettre les pièces à leur place pour que tout fonctionne. C’est vraiment à cet égard que, selon moi, Génome Canada peut jouer un rôle majeur, soit en coordonnant et en réunissant tous les efforts, dès le début et jusqu’à la fin. »

Nancy Tout
Présidente, comité consultatif scientifique international, Global Institute for Food Security, Université de la Saskatchewan

Alors que les soins de santé de précision représentent l’un des principaux domaines profitant des impacts de la génomique, il faut mentionner un autre domaine, qui est le renforcement de notre résilience. Comme l’a souligné Dana McCauley, directrice générale du Réseau canadien d’innovation en alimentation, la génomique joue un rôle « fondamental » quand on souhaite « examiner l’environnement, la biodiversité, les systèmes alimentaires et les disponibilités alimentaires ».

Garantir la résilience des écosystèmes naturels et des systèmes agricoles partout au Canada et à l’échelle mondiale fait partie des principaux usages que l’on fait de la génomique. Par ailleurs, nous ressentons déjà de véritables impacts dans ce domaine.

Le secteur de l’agriculture a longtemps été à l’avant-garde de la vision scientifique que nous avions de la génétique. C’est également dans ce secteur qu’il a été le plus facile d’appliquer les connaissances acquises. Nous pouvons remonter jusqu’à la reproduction sélective de pratiquement toutes les espèces de plantes et d’animaux que nous retrouvons dans notre assiette de nos jours. Toutefois, comme l’a souligné Christine Baes, professeure et doyenne associée par intérim à l’Université de Guelph, le niveau de connaissances en génomique que nous avons de nos jours vient changer la donne. « Il y a 25 ans, nous concentrions nos efforts presque exclusivement sur les caractères de production, soit des aspects comme la production de lait des vaches ou le rendement en viande de poitrine des volailles; de nos jours, nous pouvons améliorer la santé et le bien-être de notre bétail dans une mesure inimaginable », notamment en sélectionnant des caractères de résilience, comme la tolérance à la chaleur du bétail.

Il en va de même pour la façon dont nous abordons la question de la protection de la biodiversité de nos écosystèmes naturels. Loren Rieseberg, professeure à The University of British Columbia, a souligné que, « quand on prévoit dépenser beaucoup d’argent pour protéger certaines espèces ou communautés écologiques, il est très important de savoir ce qui se passe réellement à ce niveau ». C’est ce que la génomique nous permet de faire, car nous sommes en mesure d’atteindre un niveau d’analyse et de précision qui était jusqu’alors inconnu. Madame Rieseberg a fait référence aux travaux sur les populations de varechs réalisés à Puget Sound. Même si l’on avait avancé que le réchauffement et d’autres facteurs environnementaux étaient responsables des difficultés éprouvées par ces populations, les tests génomiques ont relevé un manque sous-jacent de diversité génomique. Cette découverte a permis d’établir que l’on pouvait intégrer des varechs de populations environnantes pour accroître cette diversité et rendre la plante plus résiliente.

« Non seulement les approches génomiques peuvent-elles permettre de cibler les populations mésadaptées et les risques particuliers auxquels ces dernières sont confrontées, mais elles peuvent également proposer des solutions. »

Loren Rieseberg
Professeure, The University of British Columbia

L’un des principaux facteurs expliquant l’impact de plus en plus grand de la génomique est la forte baisse des coûts dans ce domaine. Michael Lohuis, vice-président de la recherche et de l’innovation de Semex Alliance, parle de l’invention de la puce SNP comme de la plus grande réalisation des 25 dernières années. Les polymorphismes mononucléotidiques (SNP) jouent un rôle clé au moment de comprendre la prédisposition aux maladies. Le fait de constater qu’il est possible d’aller chercher jusqu’à 100 000 données simples à partir d’une seule puce SNP qui coûte entre 20 et 25 dollars a permis de « démocratiser la sélection génomique ».

Il reste pourtant d’autres obstacles à surmonter pour ce qui est de l’adoption et de l’utilisation à grande échelle, surtout si l’usage prioritaire est la résilience. Comme l’a indiqué monsieur Lohuis, si l’on tente de convaincre un éleveur de bovins de sélectionner ses bêtes en pensant à la réduction des émissions de méthane, il pourrait répondre : « D’accord, euh, c’est probablement la bonne chose à faire, mais pourquoi devrais-je le faire? Cela ne m’aide pas. » Monsieur Lohuis soutient qu’« il doit également y avoir une valeur commerciale ». On se doit d’étayer cet argument. Par exemple, il faut une collaboration d’un bout à l’autre de la chaîne d’approvisionnement, disons avec des transformateurs laitiers et des détaillants de produits laitiers souhaitant réduire la portée de leurs émissions, afin de s’assurer que les éleveurs ont la motivation qu’il faut pour se lancer dans ce processus.

Les différentes approches appliquées pour la propriété intellectuelle peuvent aussi représenter un obstacle au processus d’adoption au sein de l’industrie et dans la communauté universitaire. Madame Rieseberg indique que, d’après sa propre expérience, certains secteurs agricoles « ont une opinion beaucoup plus nuancée de la PI qui s’avère utile et de celle qui ne l’est pas »; par conséquent, ils sont davantage motivés à s’engager dans une collaboration préconcurrentielle que d’autres ne le seraient.

La PI peut également poser problème lorsque l’industrie travaille en collaboration avec des universités. Tandis que certaines universités « comprennent très bien la nécessité de protéger la PI, sont très raisonnables quant à la valeur de cette même PI et savent combien coûte réellement le processus de commercialisation », a signalé monsieur Lohuis, d’autres « ont adopté une approche très naïve relativement à la valeur des choses et ne réfléchissent pas au coût de la mise en marché; c’est à cette étape qu’échoue la commercialisation de la plupart des produits ».

Malgré ces défis, les membres du groupe d’experts s’entendaient pour dire qu’il serait possible de miser sur la génomique pour favoriser la résilience du Canada. Depuis qu’il a quitté les États-Unis pour revenir au Canada il y a huit ans, monsieur Lohuis constate que « le milieu de la recherche a réalisé un travail incroyable pour ce qui est de soutenir non seulement les universités, mais aussi l’industrie ». Grâce aux nouveaux fonds versés par le gouvernement fédéral dans le cadre de la Stratégie canadienne pour la génomique, auxquels s’ajoutent les progrès dans des domaines adjacents, comme l’apprentissage machine, nous pouvons affirmer que les perspectives sont prometteuses en ce qui a trait au renforcement de notre résilience.

« Nous observons beaucoup de choses qui nous emballent, et il y a tellement de possibilités qui s’offrent à nous maintenant. Les répercussions et les résultats de l’intégration des technologies d’intelligence artificielle et d’apprentissage machine seront incroyables. Ce sera fantastique de voir ce qui se passera dans le secteur de l’agriculture de précision. Le domaine de la microbiomique sera également des plus impressionnants, mais rien de tout cela ne pourra générer de résultats fantastiques si nous ne pouvons compter sur des personnes bien formées et capables d’intégrer les données pour les mettre en application. »

Christine Baes
Professeure et doyenne associée par intérim des relations extérieures | Collège d’agriculture de l’Ontario, Université de Guelph

Séances tenues lors du Sommet

Définir l’avenir à l’échelle régionale

« En réalité, ce sont les tiraillements entre les régions et entre le gouvernement fédéral et ces mêmes priorités régionales qui nous permettent d’avoir une véritable approche nationale. »

Rob Annan
Président et chef de la direction, Génome Canada

La présence d’établissements régionaux et la diversité de la communauté canadienne de la génomique en font un secteur unique si l’on fait une comparaison avec tous les autres secteurs ou avec les nouvelles technologies au Canada. Rob Annan de Génome Canada a observé que, même si toutes les organisations ont été « créées en même temps et dans des conditions très semblables, au cours des 25 dernières années, on a constaté un processus d’adaptation aux diverses conditions locales; ainsi, chaque centre a une couleur qui lui est propre ». Selon monsieur Annan, cette diversité « finit par s’additionner, un peu comme on peut observer au Canada », et devient une entité qui est supérieure à la somme de ses parties.

Depuis l’an 2000, cette évolution a tenu compte des besoins des différentes régions du Canada et des possibilités qui s’offraient dans chacune d’entre elles. Nous pouvons observer ce même phénomène dans tout l’éventail de programmes offerts par les centres de génomique régionaux.

En Colombie-Britannique, nous avons concentré les efforts surtout sur l’accessibilité de la génomique, en particulier sur les talents éventuels. De l’avis de Suzanne Gill, présidente et chef de la direction de Genome BC, le fait de permettre « un accès équitable pour participer à la recherche et de s’assurer que tous peuvent profiter des outils et de tout ce qui ressortira de ces travaux est probablement le principal enjeu ». Cet aspect a été pris en compte dans des programmes tels que Geneskool, qui a permis de mobiliser des milliers d’élèves partout dans la province, y compris des élèves de régions rurales et éloignées et des élèves autochtones, depuis son lancement en 2006. « Cet outil nous a été très utile pour aborder la prochaine génération de scientifiques; nous pouvons même compter sur la présence d’anciens participants qui enseignent à la prochaine génération », a ajouté madame Gill.

D’autres provinces se sont penchées sur des questions précises, notamment ce qu’il faut faire pour sortir la génomique du laboratoire et la mettre en pratique dans le monde réel. Josette-Renée Landry, présidente-directrice générale de Génome Québec, a parlé du Programme d’intégration de la génomique qui a financé plus de 75 projets de validation de principe dans l’ensemble de la province « aidant les entreprises et les utilisateurs finaux à intégrer la génomique à un large éventail d’applications différentes dans divers secteurs ».

Dans l’ensemble des provinces, on estime qu’il est prioritaire d’accélérer le rythme de la recherche sur la génomique et de l’adoption de cette science. En tant que président et chef de la direction de Genome Prairie, Mike Cey a déclaré qu’« il n’est pas possible de prendre de raccourci dans le domaine de la biologie, mais cela ne veut pas dire qu’il n’est pas possible d’atteindre les objectifs visés plus rapidement ».

L’atténuation des obstacles se présente sous plusieurs formes à l’échelle du pays. Steve Armstrong, président et chef de la direction de Genome Atlantic, a mentionné le travail accompli pour s’attaquer au « défi relatif au manque de connaissances en génomique » du côté des responsables de l’élaboration des politiques et du grand public dans la région en mettant en place un éventail d’approches, notamment la participation hâtive des organes de réglementation aux projets et la co-création de projets avec des organisations « qui, autrement, ne se serviraient pas de technologies de génomique », afin de créer l’espace requis pour les travaux novateurs.

Parallèlement, le président et chef de la direction de Genome Alberta, David Bailey, a parlé de l’ampleur de la tâche consistant à « créer le bassin de talents qui permettra d’analyser les énormes ensembles de données » de génomique qui sont en voie d’être produits. Les possibilités qui s’offrent à nous sont incroyables, mais « disposons-nous du personnel dont nous avons besoin pour y parvenir? »

La nouvelle Stratégie canadienne pour la génomique ouvre la voie à la prochaine génération d’impacts dans le domaine. Nous pouvons affirmer que le potentiel est immense. Le chef de la direction par intérim d’Ontario Genomics, Stephen Cummings, a soutenu que « nous disposons d’une superbe occasion au Canada de faire la promotion de ce travail de recherche et de contribuer au PIB ». La prochaine étape consistera à définir la voie du succès.

L’« éventail de possibilités » qui s’offre au secteur canadien de la génomique continue de croître chaque jour, d’après ce qu’a avancé monsieur Armstrong, mais le plus important est de déterminer « de quelle façon nous allons évoluer pour pouvoir générer des impacts encore plus grands ». À son avis, « si, dans 25 ans, nous sommes toujours en train d’organiser des activités de sensibilisation dans notre secteur et que nous sommes encore le premier et seul bailleur de fonds canadien à faire des investissements dans le secteur privé, j’en conclurai que nous aurons échoué. Nous devons changer de modèle et en faire plus. Personnellement, je trouve qu’il est encore plus palpitant de s’imaginer comment notre modèle d’affaires doit évoluer. »

Après avoir connu une évolution sur une période de 25 ans, la communauté canadienne de la génomique est prête à relever ce défi et à générer encore plus d’impacts tant au pays que partout dans le monde.